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如何用python做生物信息学研究

发布时间:2024-12-10 13:26:29

❶ 4个步骤入门生物信息学分析 | 基础+工具

生物信息学看似复杂,实则通过四个关键步骤可轻松入门。首先,理解生物信息学的本质——它是生物学、计算机科学与统计学的交叉,需要对这些领域有基本认知。其次,尽管内容广泛,如DNA、RNA分析等,但通过学习特定领域的分析方法,如肿瘤研究,可以聚焦入门。第三,掌握文章套路和数据复现至关重要,学会解读文章逻辑并能复现数据是技能的基础。具体来说,挑分子是筛选相关基因,圈功能则是理解其生物学功能和信号通路,联关系探究分子间的相互作用,而靠临床则是将分子与临床表现关联。

例如,通过研究HOXD10在胶质母细胞瘤中的作用,可以实践这些步骤。通过数据挖掘,从GEO和TCGA数据库获取基因表达数据,利用GEO2R进行差异表达分析,再用GSEA、DAVID等工具进行功能富集分析,构建PPI网络。掌握这些工具和方法后,你将能灵活运用到不同的生物信息学项目中。

常用数据库如GEO、TCGA和可视化网站如cBioPortal、GEPIA等为数据获取和分析提供了资源,而R、Python等编程语言则是进行深入分析的强大工具。通过这些步骤,即使没有生物学或计算机背景,也能逐渐精通生物信息学分析。想了解更多实例和工具,可以参考往期的热门内容,如论文规范、绘图工具、文献管理等,一步步踏上生物信息学的探索之旅。

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