生物信息学中家族成员怎么找

A. TBtools | 快速（以分钟计）且准确地获取家族进化分支成员

生物信息数据下游分析，是一个非常复杂，且几乎没有也不可能流程化的操作。究其原因， 但凡贴近生物学问题，需要更多生物学视角，甚至是研究人员的直觉 。而这，恰恰又是工作亮点挖掘，做出有意义工作的关键；甚至说实际一点，paper 发得好不好的关键。解决，是不可能解决的。但是加速，是存在可能的。TBtools 的相当部分功能，也正是其这个作用。简而言之， TBtools，打辅助。

在数据中，挖掘生物学故事的时候+，我们常常会拿一些已知基因更或者是已知通路为参考，大体可以分为两种操作：

两种操作，各有千秋。不过，从某种角度来说，往往从传统视角出发，可以发现更多东西，毕竟这是比较solid地站在巨人的肩膀上。那么问题来了，ARF本身在植物的每个物种中都是基因家族，拟南芥在ARF3对应我们材料中，哪一个ARF？如何去确定？解决办法一般有三：

其实快速的解决办法还是有的。这几天，为了搞好学位论文，我刷了不少个papers，整理了与课题 可能 相关的通路（以及基因）。对着自己的数据，就需要做前述工作。鉴定了五个转录因子家族之后，不想再整了（Sad...真的挺麻烦）。可能搞分析的会提出，你怎么不用orthofinder之类的？还是不要来搞笑了。一是计算量和时间；二是精度。好吧，那咋办？我不想干了。那就只能突发奇想，......， 既然又是生信大佬们都看不上的，那就我自己来 。

分析第一步，打开TBtools

来个示例

其他的都设置完毕，填上一个ID接口，点击 Start，大概过了 一分钟...（注意，如果按照鉴定家族 + 构建进化树，半天或者一两天是正常的，因为还有许多坑....）。结果出来了，直接右键复制就可以用了。连你自己想办法去截取分支，拿到ID，都帮你搞定了。

Emmm，这是一个问题，我也不知道。不过我有不是没有 参考答案 。在这个工具写出来之前，我鉴定了这个家族成员R2R2MYB，同时把100来个序列和拟南芥的100来个R2R3MYB一起建了颗ML树。结果如下：

不对啊，怎么会跟预期不符合啊。Emmm....

OK，Confirmed ! 也就是说，我。。。鉴定 R2R3MYB的时候，漏掉了。Sad，因为，我只看了Pfam，而Pfam，不够优秀，敏感度决定了他只挖掘到一个domain。所以，基于domain的筛选，其实不要搞太早，不然反而会过滤掉正确的结果。当然，如果我还结合 MEME 的结果，应该就不会漏吧。

但是，话说回来，我现在有了“FindBestHomology”这个功能，还搞家族鉴定干啥？新功能，确实可以， 更灵敏，更靠谱！ ，又快又好，真香！

前天晚上鼓捣了下思路，搞了功能；昨天早上8点出门前开始写了点推文；晚上23点左右回来继续整理下，现在是24点04分。时间过得真快。之所以写了一个来小时，因为网页崩溃了，推文历史记录差点找不回来。最后我是通过URL反转义回来，然后再手动调整。或许，如果没找回来，这个推文也就不会出来了。
很久没有增加新功能了，主要还是我课题上没有太多新的 迫切的 需求。
PS：早前提过，TBtools论文没有被接收之前，不做更新；前几天更新了，于是多少大家猜到了目前情况；前前后后十来人问要新的 doi号，大体是 预印本大家还是不太认可或者加引用不方便... 不过，确实暂时木有新doi，继续bioRxiv吧。新的doi出来了，自然公告一下。谢谢各位支持了。

B. 用 生物信息学软件 解决 一个生物学问题

下个mega4.1
去NCBI或者Eztaxon或者www.bacterio.cict.fr或者其他能链接到数据库地方下载一些细菌的16sDNA序列。
然后用mega比对就可以做一个系统树了。

比如可以做一个假单胞菌属的系统发育树，选择几个假单胞菌的序列，选择合适的计算方法，用软件计算出系统树。记得还要放一个属外种作为参考啊。

别指望有多人回答，这里大多都是中学生。

C. 在你看来学习生物信息学有哪些比较好的网站或论坛

国外与生物信息学相关的网站有哪些
生物信息学高度依赖于网络。实际上，你需要的几乎所有资源，都可以从网上下到。你需要关注你研究领域所需要的那些，而不是全部的资源。
我原来常用的：
NCBI：持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具，以及BLAST序列比对搜索工具，PUBMED文献数据库，Taxonomy数据，COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库，BLAST的单机程序，以及各种工具程序。
EBI：和NCBI类似，欧洲搞的对等物。感觉EBI网站比NCBI要清楚简洁。另外EBI网站整合了更多的工具，比如多序列比对。
Uniprot：全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分：SwissProt是人工校对过的，TrEMBL是自动校对的。
Pfam：蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西，而且找到的东西是结构域。
Rfam：RNA的，类似Pfam。
RDP：16S rRNA库。除了序列，它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier，可以对输入序列进行物种分类，效率和准确性较直接使用BLAST更高。
GreenGenes：也是16S库，不过它只收集比较全的序列。它提供了一个16S的标准化比对，并基于这个东西搞了个物种分类工具。
EMBOSS：一个工具包，提供了几百个进行序列操作的工具。
BioPerl、BioPython：Perl和Python的生物学模块。
R：类似matlab的语言，有一大堆的生物学包。
SOAP：华大基因搞的高通量测序工具包，有de-novo拼接的，有mapping的，还有一些后续分析的。
bowtie：一个用于序列mapping的软件。
samtools：用于操纵、分析高通量序列mapping的结果。功能非常灵活，但有点复杂。
fastx toolkit：用来操纵高通量测序序列的工具包。