如何往geo上传数据

㈠ leica geo office如何传出数据

1. 以软件的例子数据为例,缺省路径为:C:Documents and SettingsAll UsersDocumentsLGOSample dataImport

   GPS Real TimeSample RT 1200-0100。

   建立新的项目,将Sample RT 1200-0100输入,进入"查看/编辑"选项卡

2. 点击工具栏上的输出----GIS/CAD数据。

3. 右键单击上图中查找表右侧的蓝色区域,新建一个查找表,设置如图所示
   

   

㈡ 如何将rna-seq的数据提交到ncbi中geo

其实很简单，
1.首先建立一个meta file，即包含实验信息的文件
2.将测序的fastq（*.fq或*.fastq）文件准备好，此为原始数据（必须）。
3.将每个fastq文件处理后（去接头，合并相同序列）的序列整理为SEQ
COUNT两列的文件即可，此为处理后数据（应该也是必须）
4.将这些文件压缩为文件包（zip或RAR），命名为:账户名(你的GEO账户名).rar
5.上传至ftp://geo:[email protected]/fasp，因为文件较大，推荐使用flashXP；除非网络好，超快。
6.写一份邮件给GEO的网管：[email protected]，说明你的数据已经上传，让其尽快发布，
我写的例子：
Dear
Sir,
We would like to submit our Illumina Genome Analyzer results to your GEO
web site.
We have upload our data file zmyang_files.rar to ftp://geo:[email protected]/fasp under the
GEO account user name xxx.

xxx.rar includes:
Illumina meta file:

GEO_Illumina_metadata.xls
processed data
files:
x.txt
y.txt
z.txt
raw data files in fastq
format:
x.fq
y.fq
z.fq
We want to release our data ASAP.
Thanks.

该流程我已重复n次，亲自手写流程，保证可靠。
实际该流程在GEO网站是有个大概的，但是所言含糊，需分析逻辑而后得其详。 转载

㈢ 怎么往GeoScene online添加数据

往GeoScene online添加数据要登录主页。
1、登录GeoServer主页，依次选择“数据存储”->“添加新的数据存储”。
2、新建数据源，选择“PostGIS-PostGIS Database”。
3、输入连接PostgreSQL信息，
4、点击保存按钮，成功后会进入到图层发布界面。
5、点击“发布”后进入到编辑图层界面，设置相关信息后，点击保存即可。
6、这样在图层列表中就出现了我们刚添加的PostGIS数据源了。
7、在左侧点击“Layer Preview”后，从右侧找到对应的图层。
8、点击OpenLayers即可打开预览效果，因为目前要素图层没有数据，所以显示地图是一个空的。

㈣ 向GEO上传数据是一张芯片上传一次，然后等待编辑联系修改，还是所有的芯片CEL结果压缩后一起上传，谢谢

我也遇到这个问题，貌似上传的是.cel等原始文件吧，我正在问相关的负责人。当然你的问题我也还没搞清楚答案，一起学习下吧
Q：848488175

㈤ 如何在geo数据库找想要的数据库

1、首先GEO数据库是个什么鬼呢？
GEO数据库全称GENE EXPRESSION
OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。
2、那GEO数据库有哪些检索入口呢？
最常用的有两种方式，如果你知道GSE编号可以通过网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo直接进入，具体编号介绍文件下载方法见：https://www.omicsclass.com/article/1100
另外一种就是通过NCBI主页的入口基因搜索下载。通常是不知道GEO编号，通过样品类型，实验处理，平台信息等搜索筛选想要的GEO数据：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进入NCBI主页，搜索数据选择GEO DataSets，如果搜索某个基因表达量可选择GEO Profiles。

㈥ 如何利用GeoServer发布卫星地图服务

方法/步骤
环境配置
由于GeoServer是基于J2EE的开源项目，需要java的运行环境，所以需要安装JDK；其次，要访问geoserver的服务，需要tomcat服务器。
3.1搭建java运行环境
直接安装附件内的JDK1.8即可，安装完成后点击“开始”→“运行”，在弹出的对话框内输入“cmd”进入管理员界面，在界面内输入“java -version”（注意java和-version之间有一个空格），出现图4所示的界面，则说明java环境已经搭建完成。
说明：如果此处未出现图4所示的界面，说明java运行环境未搭建好，可以去网上查阅配置java环境变量的相关资料。2.创建tomcat服务器
按默认安装tomcat即可，注意记下tomcat的安装目录（安装目录可以任意选择，不一定要安装在C盘）之后需要在安装目录下解压geoserver.war。

配置GeoServer
安装好tomcat后，将附件内的geoserver.war，复制到tomcat的webapps目录下，例如我的tomcat安装在C盘，此处的完整路径为C:\Program Files\Apache Software Foundation\Tomcat 7.0\webapps在安装目录Tomcat 7.0文件夹内找到bin文件夹，进入并双击“Tomcat7.exe”运行，用以解压geoserver.war压缩包，解压完成后再次回到webapps文件夹，可以看到现在已经生成了一个geoserver文件夹，说明已经解压好了geoserver。geoserver.war为geoserver的工程文件，解压完成后可以将其删除，也可将其留在webapps文件夹内。
安装好tomcat后在浏览器输入http://localhost:8080/geoserver/web/即可打开geoserver，默认的用户名为：admin,密码为：geoserver，登陆后效果如图10。

发布地图服务
1.发布shp格式地图
1.1新建工作空间
点击“工作空间”→“添加新的工作空间”（图11），在出现的页面中添加工作空间的名称（尽量用英文）和对应的url（这里输入的url为http://www.metarnet.com/gis）并将其设置为默认工作空间。
1.2新建数据集
数据准备，在geoserver文件夹内的data文件夹内新建一个文件夹t_shapes（图13）用来存放shp数据，将准备好的矢量数据全部放在此文件夹内（shp文件最好以英文的方式命名）。
点击“所有数据集”→“添加一个新的数据集”，在出现的页面中选择“矢量数据源”→“Directory of spatial files (shapefiles)”，将整个文件夹的shp文件添加进来。点击“Directory of spatial files (shapefiles)”后，在出现的页面选择好工作空间，设置好数据源的名称，然后选择数据源的路径。
单击“保存”后，会出现“新图层”界面，可以看到已经加载进入的shp文件图层，点击“发布”，可以选择某个地图进行发布。
在弹出的“编辑图层”界面内设置好名称、标题和关键字，下拉，选择“geoserver提供给客户端的SRS”（即选择坐标系），这里选择“EPSG:4326”（即WGS84坐标）和生成边界框的坐标（可点击自动生成）。
注：这两个部分是必须要填写的，不可缺少。单击“保存”后会出现“所有图层”界面，点击“添加一个新资源”，在“新图层”界面选择之前导入的数据源。
最后，点击“Layer预览”，可以查看到已经发布的图层，点击“OpenLayers”即可预览发布的地图。同时，我们也可以在“所有格式”一栏点击“选择一个”下拉菜单将发布的地图导出成kml、jpg、tif等多种格式。如果想要同时发布多个图层的话，只需要在预览的链接内多增加几个图层就行了，示例：
原链接：
http://localhost:8080/geoserver/TEST/wms?service=WMS&version=1.1.0&request=GetMap&layers=TEST:Build&styles=&bbox=114.1510858193551,26.307060704787773,115.43754023979032,27.769242374236235&width=450&height=512&srs=EPSG:4326&format=application/openlayers
修改后增加的链接：
http://localhost:8080/geoserver/TEST/wms?service=WMS&version=1.1.0&request=GetMap&layers=TEST:Build,TEST:City&styles=&bbox=114.1510858193551,26.307060704787773,115.43754023979032,27.769242374236235&width=450&height=512&srs=EPSG:4326&format=application/openlayers
修改后的链接增加了一个图层，图层名称为City（注：此图层必须为已发布的图层），修改后的地图加载如图。
2.发布tif格式卫星图
类似于发布shp格式的地图，发布tif卫星图之前也要在geoserver的data文件夹下新建一个文件夹，命名“t_raster”。在添加数据集的时候选择“删格数据集”→“GeoTIFF”，其余设置类比发布shp地图。
发布后，在“Layer预览”中找到发布的tif图片，点击“OpenLayers”即可预览，发布的卫星地图。
说明：此处发布的tif图片大小不宜超过2G，超过之后会影响数据的读写。

结语
通过以上的步骤我们就已经成功的发布了shp格式和tif格式的地图，发布地图的关键在于要搭建好java运行环境和准备好tomcat服务器。说明一下，在整个发布地图的过程中应该时刻使tomcat处于打开状态即存在下图所示的窗口，否则无法正常使用geoserver的服务。

㈦ GEO数据库z怎么输入数据集

可以在数据库里进行输入。
GEO数据库全称Gene Expression Omnibus database，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的大多数高通量基因表达数据，GEO除了二代测序数据，还包含芯片测序、单细胞测序数据。
GEO数据库数据类型：
GEO数据库里的数据是免费的，可以直接在线下载。但是，在下载数据之前要了解GEO数据库的4个概念和4个数据存放类型：GSE数据编号(Series)、GPL数据编号(GEO platforms)、GSM数据编号(Samples)、GDS数据编号(Datasets)
一篇文章可以有一个或者多个GSE(Series)数据集，一个GSE里面可以有一个或者多个GSM(Samples)样本，而每个数据集都有着自己对应的芯片平台，就是GPL(GEO platforms)。GSE编号一般为作者提交时生成的原始数据编号，后续NCBI中的工作人员会根据研究目的、样品类型等信息归纳整合为一个GDS(Datasets)，整理后的数据还会有GEO profile数据，也就是基因在这次实验中的表达数据。GDS里面的数据往往对应相同的平台具有可比性，另外，不是所有的GSE数据都能被整理，所以，有的GSE数据里面没有GDS数据也是正常。

㈧ 在ARCGIS中如何把SHP数据导入GEODATABASE

catalog里面 shap数据右键export ----to GEODATABASE (single)/to GEODATABASE （multiple）
发的gitu图片不能动画播放，要不看下就会了。

㈨ 在GEO上传基因芯片数据，急求帮助

将基因表达谱芯片的数据按照指定的格式和要求上传到NCBI 的GEO Datesets 上面的方法
你到GEO上注册，然后按照他们的步骤做，他们会有人联系你来确保数据质量的 。格式等直接问他们就可以。通常是SOFT格式。
GEO Database
近年来，利用高通量方法检测基因表达越来越普及，诸如微阵列杂交和基因表系列分析（SAGE）可以同时测量数以万计的基因转录脚本（gene transcript）。基因表达大棚车（GEO：Gene Expression Omnibus）则是归档和自由分发科研人员提交的高通量基因表达数据的公共仓库。目前，GEO存储了大约10亿单个基因表达的数据，来自于100多种生物，内容广泛涉及到各种生物学问题。这些大容量的数据可以使用用户友好的以Web为基础的工具进行有效的挖掘，检索和可视化表达。

㈩ 怎么上传microarray数据到geo数据库

数据库, Geoserver, PostGIS, shapefile, 访问geoserver中一个FeatureType对应一个地图的图层，同一个FeatureType里的所有要素的几何类型都相同，即不允许点和线同层等类似情况出现。FeatureType中规定着这个图层的样式范围等信息，创建它之前，首先要创建“数据库”，也就是数据源。geoserver支持许多不同类型的数据，下面以shapefile和postgis空间数据库为例说明如何添加数据。
在添加数据之前，您需要新建一个名字空间，具体过程如下：
① 使用IE浏览器进入http://localhost:8080/geoserver/页面。
② 点击“配置”，并输入之前您设置的用户名和密码登陆。
③ 再点击“数据”、“名字空间”、“新建”。
④ 输入“前缀”，即名字空间的名字。
⑤ 输入url，例如可以输入贵公司的网址。（前缀和url在今后的客户端xml配置中需要用到）。
⑥ 按下窗口左侧的“应用”、“保存”两个按钮。
如何添加shapefile类型数据到geoserver？
① 首先将××.shp ××.shx ××.dbf文件放入geoserver\data\data文件夹中。
② 使用IE浏览器进入http://localhost:8080/geoserver/页面。
③ 点击“配置”，并输入之前您设置的用户名和密码登陆。
④ 再点击“数据”、“数据库”、“新建”，Feature数据描述选择Shapefile，Feature数据集 ID输入这个shapefile数据源的名称。
⑤ 之后出现“Feature数据集编辑器”界面，名字空间选择您之前设置的名字空间，url中输入file:data/×××.shp，charset输入GB2312。按下“提交”按钮。
⑥ 按下窗口左侧的“应用”、“保存”两个按钮。
⑦ 点击“配置”、“数据”、“FeatureTypes”、“新建”。FeatureType名选择×××:::×××，×××为您上面输入的Feature数据集 ID，按下“新建”按钮。
⑧ 之后出现“FeatureType 编辑器”界面，样式选择一个您设定的样式（样式如何制作在后面将详细介绍）。SRS（空间引用系统）输入数据的坐标系，如果为WGS84那么就输入4326。按下边界盒状模型旁边的“生成”按钮，即可自动生成改shapefile的范围，您可以手动修改这些值。按下页面最下方的“提交”按钮。
⑨ 按下窗口左侧的“应用”、“保存”两个按钮。
在添加postgis数据到geoserver之前，您需要将数据导入到postgis数据库中，如何将shapefile数据导入postgis数据库？操作如下：
① 生成sql脚本。使用shp2pgsql程序生成shp文件对应的sql脚本。假定PostgreSQL安装路径为默认，那么单击windows开始菜单、运行、输入cmd、回车。输入命令行"C:\Program Files\PostgreSQL\8.3\bin\shp2pgsql" -W "GBK" D:\×××.shp ××× > D:\×××.sql 其中×××为shp文件名，盘符根据你shp文件所在位置设置。
② 运行步骤1生成的sql脚本，导入数据到数据库。使用psql程序运行脚本。假定PostgreSQL安装路径为默认，那么单击windows开始菜单、运行、输入cmd、回车。输入命令行"C:\Program Files\PostgreSQL\8.3\bin\psql" -d postgis -f D:\×××.sql postgres 其中×××为sql脚本文件名，postgis为数据库名。之后提示您输入数据库密码，输入密码之后，按下回车，自动将数据导入数据库。
如何添加postgis数据到geoserver？
① 使用IE浏览器进入http://localhost:8080/geoserver/页面。
② 点击“配置”，并输入之前您设置的用户名和密码登陆。
③ 再点击“数据”、“数据库”、“新建”，Feature数据描述选择Postgis，Feature数据集 ID输入这个postgis数据源的名称。
④ 之后出现“Feature数据集编辑器”界面，名字空间选择您之前设置的名字空间，host输入Postgis数据库所在服务器的ip地址，如果是本机，那就输入localhost，port输入postgis数据库的端口，默认为5432，database输入postgis数据库的名称，一般为postgis，这取决与您安装postgis时设定的名字。user输入默认的postgres。passwd输入密码。按下“提交”按钮。
⑤ 按下窗口左侧的“应用”、“保存”两个按钮。
⑥ 点击“配置”、“数据”、“FeatureTypes”、“新建”。FeatureType名选择AAA:::BBB，其中AAA为您上面输入的Feature数据集 ID，BBB为postgis数据库中的一个表的名字，这个表应该是您之前导入的。
⑦ 之后出现“FeatureType 编辑器”界面，样式选择一个您设定的样式（样式如何制作在后面将详细介绍）。SRS（空间引用系统）输入数据的坐标系，如果为WGS84那么就输入4326。按下边界盒状模型旁边的“生成”按钮，即可自动生成改shapefile的范围，您可以手动修改这些值。按下页面最下方的“提交”按钮。
⑧ 按下窗口左侧的“应用”、“保存”两个按钮。