㈠ R语言中heatmap()、heatmap.2()、pheatmap()、ComplexHeatmap()绘制热图
获取热图所需数据的步骤如下：
- 从UCSC xena数据库中的GDC TCGA Colon Cancer (COAD)数据集获取HTSeq - FPKM数据，通过下载相关文件，链接：pan..com/s/1ecWT-z...
- 使用gencode.v22.annotation.gene.probeMap文件将表达矩阵中的Ensembl_ID转换为gene Symbol。
- 对UCSC_fpkm.txt表达文件进行预处理，选择20个基因和5个样本的数据制作热图。
接下来，了解四种绘制热图的函数：
- heatmap()函数：基本热图绘制，WGCNA包常用，详细参数参考stat.ethz.ch/R-manual/R...
- heatmap.2()函数：gplots包中的增强版，提供更多选项，查阅heatmap.2 function - RDocumentation。
- pheatmap()函数：支持按分组添加行或列的条目，具体操作示例略。
- ComplexHeatmap：用于绘制复杂热图，包括注释和排列，这部分内容有待完善。
最后，关于热图调色板，有两种创建方法：
- 使用R内置的调色板，如terrain.color(), rainbow(), heat.colors(), topo.colors(), cm.colors()，以cm.colors()为例。
- 利用Rcolorbrewer调色板，支持三种预设类型和自定义颜色码，具体操作如Rcolorbrewer(colors)。