⑴ R语言可视化STRING分析的蛋白互作网络（PPI）
运用STRING创建蛋白互作网络（PPI）
访问STRING数据库，链接：string-db.org/。使用R语言包clusterProfiler中的示例基因列表，获取gene symbol的代码。
将gene symbol上传至STRING网站，获取结果。
目前，我需要编辑该图像，因此下载了文件。
通常，该文件可以导入至Cytoscape软件进行可视化。然而，我昨天尝试了，未发现批量分组添加颜色的方法。例如，这30个基因是我通过转录组差异分析得到的结果，其中10个为上调表达基因，20个为下调表达基因。我希望将上调基因用红色表示，下调基因用蓝色表示。我不确定Cytoscape是否可以实现此功能，但至今尚未找到方法。
以下记录了我使用R语言的ggraph包实现的过程。
准备数据
初步结果
经过比较，我发现layout="kk"的布局效果更佳。
接下来，我尝试添加基因名字，并根据上调和下调添加颜色。
以上所用数据，大家可以自行准备，或留言获取。
中国加油！武汉加油！