1. 高通量测序数据公共数据库有哪些
我原来常用的:
NCBI:持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具,以及BLAST序列比对搜索工具,PUBMED文献数据库,Taxonomy数据,COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库,BLAST的单机程序,以及各种工具程序。
EBI:和NCBI类似,欧洲搞的对等物。感觉EBI网站比NCBI要清楚简洁。另外EBI网站整合了更多的工具,比如多序列比对。
Uniprot:全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分:SwissProt是人工校对过的,TrEMBL是自动校对的。
Pfam:蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。
Rfam:RNA的,类似Pfam。
2. 中英文医学文献检索的数据库各有哪些
常见的英文医学检索数据库:
1、Medline——世界上最着名的医学文献检索系统之一
2、AIDS Databases——有关艾滋病的临床实验、药物研制以及相关文献数据库
3、CANCERLIT——癌症数据库(National Cancer Institute)
4、CHID online——综合卫生信息数据库,提供有关卫生、卫生教育资源的题录、文摘等信息
5、ClinicalTrials.gov——向医患人员提供的临床实验信息数据库
6、DIRLINE——收集美国约17,000个政府机构、研究机构、公司、学术机构等信息
7、药物信息库——包含有9,000余种美国处方与非处方药物信息
8、HSTAT——包括有健康指南、评价、和消费者指南信息的全文数据库
9、NCCAM Resources——补充和替代医学资源
常见的中文医学检索数据库:
1、中国知网——知网,是国家知识基础设施的概念。
2、生物医学文献数据库——中国医科院信息研究所研制,综合性生物医学数据库,国内权威。
3、中国科学引文索引数据库——收集我国出版315种重要期刊,91-94年13万篇论文及45万引文摘要。
4、中医中药数据库——中国科学院科学数据库提供
5、中国中医药文献检索中心——由中国中医研究院信息中心制作,提供中医药方面的Web界面文献检
3. 2022年国内主流医药数据库有哪些
目前主要使用的医药数据库分为两大类,一个是免费医药数据库,一个是商业综合类的医药数据库。医药数据库的本质是让用户能在短时间内在一个网站把想要的信息通过检索一览无余,因此,全面性、准确性、及时性是该类数据库的主要指标。
先说免费医药数据库,大大小小的比较多,但真正用户量大,达到一定使用频率的,我们在此推荐三个最全面的:
①:DrugBank数据库,它是加拿大阿尔伯塔大学(University of Alberta)研究人员将详细的药物数据和全面的药物目标信息结合起来,建立的真实可靠的生物信息学和化学信息学数据库。DrugBank包含50万种药物信息,其中包括2653种经批准的小分子药物、1417种经批准的生物技术(蛋白质/肽)药物、131种营养品和6451种实验药物。
②:pharnexcloud,他目前是开放程度高的中文界面医药数据库,包含了全球药品研发管线、审评审批进度、全球临床试验、中国临床试验、药品招投标、集采、一致性评价等大量整合信息。
③:ClinicalTrials,它是一个基于网络的资源,为患者、他们的家庭成员、医疗保健专业人员、研究人员和公众提供了方便地访问关于各种疾病和病症的公共和私人支持的临床研究的信息。该网站由 美国国立卫生研究院的国家医学图书馆(NLM) 维护(NIH),美国国家医学图书馆提供的资源,探索所有 50 个州和 221 个国家/地区的 422,494 项研究。注:所有资料及相关研究仅供参考,未取得相关政府机构评定。
免费数据库涉及数据层面的关联性相对单一、数据深度存在一定局限性,毕竟这类数据库没有像商业数据库那样花上足够多的人力成本及时间成本去清洗、整理、维护数据。
商业类医药数据库往往是高价值数据库的代表。商业类医药数据库特点是功能强大不仅能对学术类信息加以融合处理,还能分析药品全生命周期数据,竞品药品销售详细情况、竞品企业招投标、投融资、集中采购信息等;除此之外还能实时跟踪产品管线最新信息,做到实时调整战略方向,防止做无用功浪费企业资源。现在商业类数据库可以说是医药企业必备的数据库。笔者就国内药企主要使用的商业医药数据库(同时对比两个国外数据库)给大家一一列举。
药融云企业版Pharnexcloud
数据全面性:★★★★★
运营企业:药融云数字科技
上线时间:2020年
数据库数量:218个
产品组成:药物研发库群、上市药品库群、药品销售库群、市场信息库群、一致性评价库群、原料药库群、医疗器械库群、生产检验库群、合理用药库群、医药文献等十个版块构成。
数据来源:各国药品监管机构、试验研究、学术会议报告、文献期刊、异构资源、企业公告各国卫生机构、医学新闻杂志、网络资讯、专利、协会学会等。
数据特色:数据采集近80个主流国家,监控全球10万+医药数据信息源,数据放大模型算法涉及人口学、经济学、发病率、医疗资源分布等各类特征参数。
增值服务:①专人对接需求,团队解决问题。②沙龙、巡讲、峰会、项目交易、需求对接等活动支持,能加入他们药融圈生态链。
优点:全面覆盖医药领域全产业链各环节,数据总量大、数据来源、专业报告、数据算法、结果展示都做得非常好。
缺点:相比较于全球顶尖的cortellis、informa等,pharnexcloud的数据展示结果关联性还有明显的进步空间。
pharnexcloud医药数据库后来居上,进步很快,近年来逐步成为国内医药企业选择较多的医药数据库,因其产品功能的全面和数据全面性得到越来越多的认可,希望能保持这个进步速度。
药智
综合性推荐指数:★★★★☆
运营企业:重庆康洲数据
上线时间:2009年
产品组成:由研发、一致性、生产、上市、市场、用药、药化、中药材、器械等九个版块组成。
数据来源:地区机构、资讯、企业公告报道、医疗会议、公司年度报告、医疗卫生机构、医学杂志、专利、商标、技术实施文件、学术会议、技术报告、科技期刊等。
数据库数量:172个
检索方式、功能点、底层数据架构、界面展示:与insight、Pharnexcloud数据库大体一致。
优点:药物综合报告、审评、临床数据都做得相当不错。而且仅此一家推出了化妆品、食品数据库。
缺点:药品销售数据起步阶段暂不够成熟,全球数据相对量少。(药品销售数据对于药品的立项调研、竞品销售分析、销售战略目标制定都是重中之重)。创新药物收录数量有待提高。
医药魔方
综合推荐指数:★★★★☆
运营企业:北京华彬立成
上线时间:2013年
数据库数量:49个
产品组成:资本透视、全球新药、全球临床、基础数据、市场洞察这五个版块构成。
数据来源:实验室研究、内部会议、专业报道、专利、商标、技术实施文件、学术会议、技术报告、科技期刊、文献、教科书、地区机构、资讯、新闻资讯、公司年度报告等。
产品亮点:资本透视和创新药物版块做得非常不错,在该领域都属于行业佼佼者。
收费:单价在国内偏高
优点:投融资版块、可视化疾病图谱和靶点整合、审评、临床等数据做充分关联、新上线的NextMed板块有一定领先性、其投融资版块做得很好。
缺点:总体数据数量偏少,药物研发也只解读了3万多个药物,比较同类产品丢失部分功能版块,全球数据不够丰富。销售数据模块虽然有,但十分封闭,无任何宣传,对其具体情况业内不了解。
医药魔方作为创新药物和医药投融资数据库目前国内用户沉积多的数据库之一,但其产品功能过于封闭,已成自己的围墙。
药渡
综合推荐指数:★★★☆
运营企业:药渡经纬信息科技
上线时间:2013年
数据库数量:132个
产品组成:由全球药物、全球器械、投资生态、临床研究、专利文献、政策法规、世界药问、数据定制八个版块构成。
数据来源:实验室研究、内部会议、专业报道、专利、商标、技术实施文件、学术会议、技术报告、科技期刊、在线数据库、在线辞典、电子书库、地区机构、资讯、企业公告报道、医疗会议等。
优点:其药物研发信息与国内审评、临床等多个库均有不错的关联,层级结构、标签及界面都做得相当不错。对生物药、化学药等细微标签做了单独优化。
缺点:目前没有药品销售数据,临床、上市药品分析等数据采集方面比较弱,总体数据量在业内偏弱。
药渡作为国内老牌医药数据库之一以全球研发数据为核心,重点发展咨询业务。缺少销售数据其核心版块数据,导致其数据业务只是一直低价在为其咨询业务做支撑。
米内
综合推荐指数:★★★★☆
运营企业:广州标点医药信息
上线时间:2010年
数据库数量:72个
产品组成:药品销售(多层格局,医院、零售)、审评进度、上市药品、临床试验、中标数据、全球新药研发、全球专利、项目进度这个七个版块构成
产品特色:国内药品销售数据领头企业,其医院销售数据以“三大终端六大市场”为基础,分层抽样多等级医院放大至全国。城市公立医院、县级公立医院、实体药店、网上药店、城市社区卫生中心、乡镇卫生院等各类维度齐备。
优点:南方所背景,医院销售数据算法和研发数据都做得非常不错。六大格局在国内首屈一指。近期上线了独家的电商类数据,虽然业界还在争议电商数据可信度,但毕竟先走出了这一步。
缺点:全面性比较弱,销售数据以外的全球数据、研发数据、审批数据相对重视程度很低,版本一直没有大的进展。
米内医药数据库南方所背景其医院销售版块覆盖面最广之一,但其它版块相对薄弱。
丁香园Insight
综合推荐指数:★★★☆
运营企业:杭州观澜网络
上线时间:2013年Insight(2006年总部)
产品组成:临床试验、申报进度、药品库、上市产品、制药企业、招投标、一致性评价、医药新闻、生物制品、全球数据等十个版块构成。
数据来源:内部会议、专业报道、专利、商标、在线数据库、在线词典、电子书库、异构资源共享平台、知识库、地区机构、资讯、企业公告报道、医疗会议、新闻资讯等。
产品特色:其界面小功能开发丰富特别是小图标的应用在国内UI设计上是好的,区别于同类产品。
检索方式、功能点、底层数据架构、界面展示:与药智数据库大体一致。
优点:搜索体验、UI界面小功能、时间轴、注册数据、国内药物审评、上市批文这些国内数据中做得非常不错。
缺点:市场和销售相关数据涉及较少,全球研发数据处于刚起步阶段(全球药物研发数据对于药企来说十分重要可谓是医药行业的风向标,在全球药物格局、药物立项调研、企业发展战略方向制定方面的重要性不言而喻)
Insight作为老牌医药数据库的典型代表,背靠丁香园集团的大树,目前国内用户沉积多的数据库之一,但因其药物研发数据版块、药品市场与销售数据起步晚,影响了其总体优势。
上海医工院PDB
综合推荐指数:★★★
运营企业:上海数图健康医药科技
上线时间:2011年
数据库数量:31个
产品组成:分为药物综合和新药研发监测两个数据库;药物综合数据库包含了国内市场、细分市场、全球市场、国内工业生产、企业经济运行五个版块;新药研发监测数据库包含了全球研发、中国研发、一致性评价、企业竞争,品种筛选分析五个版块。
数据来源:专利、商标、技术实施文件、学术会议、技术报告、科技期刊、文献、教科书、地区机构、资讯、新闻资讯、公司年度报告、pjb等。
优点:工信部背景知名度高国产医药数据库鼻祖,审评、临床等数据有不错的关联展示;新上线的RPDB零售板块有明显的优势提升;RAS医药处方分析系统具备一定独家性。
缺点:数据全面性相对不高,部分工业类数据更新较慢,UI设计过于传统。PDB作为全国老牌医药数据库之一,全球药物研发数据采集处于起步阶段,也许是底层架构设计问题单开了一个CPM(新药研发监测数据库)导致其部分关联性较差。
科睿唯安cortellis
综合推荐指数:★★★★☆
产品组成:Cortellis 数据库包含Cortellis竞争情报、Cortellis早期药物发现、CMC、仿制药、原料药、系统生物学Metacore等等多个模块,主要由竞争信息、疾病简报、监管信息、新闻、药物发现信息这几个版块构成;
数据来源:各大药品监管机构、新闻杂志、网络资讯、文献期刊、学术报告、专利商标、公司年报等。
检索方式、功能点、底层数据架构:这三个维度和informa数据库基本一致,只是样式展示风格不一样。
优点:在展示结果关联性、专业报告、数据维度方面都做得非常好。
缺点: 缺少系统化药品销售数据,对中国企业管线监控出现不少滞后和少量错误,缺少中国药监局等数据分析。
cortellis医药数据库目前在世界医药领域知名医药数据库之一,因在国内因为其水土不服相比之下使用人群比例不是那么多。
英富曼Informa
综合推荐指数:★★★☆
产品组成:Biomedtracker、Pharmaprojects、Sitetrove、Trialtrave、Datamonitor Healthcare、In Vivo、Medtech Insight、Pink Sheet、Scrip多个版块组成。
数据来源:各国药品监管机构、医疗卫生机构、新闻杂志、网络资讯、文献期刊、学术报告、专利商标、公司年报、搜索引擎、学术会议等。
检索方式、功能点、底层数据架构:这三个维度和cortellis数据库基本一致,只是样式展示风格不一样,更符合国人使用习惯。
优点:可以综合计算药物批准通过率,数据更新历史记录,在新闻数据追溯、展示结果关联性、数据维度方面都做得很好。
缺点:没有销售数据、没有仿制药信息、缺少中国药监局数据解读,中国企业管线跟踪滞后;
Informa医药数据库当前世界主流医药数据库之一,其Pharmaprojects版块Pharnexcloud的’全球药物研发版块’被客户比较得多,因为价格和缺少国内审批等数据因此占有率偏低,目前在国内主要客户人群为高校为主。
一共写了目前国内主要使用9个主流数据库的测评,2个国外医药数据库。每个数据库都各有特色,可以根据自身情况供您选择。
4. 请问数据库有哪些种类呢
数据库共有3种类型,为关系数据库、非关系型数据库和键值数据库。
1、关系数据库
MySQL、MariaDB(MySQL的代替品,英文维基网络从MySQL转向MariaDB)、Percona Server(MySQL的代替品·)、PostgreSQL、Microsoft Access、Microsoft SQL Server、Google Fusion Tables、FileMaker、Oracle数据库、Sybase、dBASE、Clipper、FoxPro、foshub。
几乎所有的数据库管理系统都配备了一个开放式数据库连接(ODBC)驱动程序,令各个数据库之间得以互相集成。
2、非关系型数据库(NoSQL)
BigTable(Google)、Cassandra、MongoDB、CouchDB。
3、键值(key-value)数据库
Apache Cassandra(为Facebook所使用):高度可扩展、Dynamo、LevelDB(Google)。
(4)检验科数据库有哪些扩展阅读:
数据库模型:对象模型、层次模型(轻量级数据访问协议)、网状模型(大型数据储存)、关系模型、面向对象模型、半结构化模型、平面模型(表格模型,一般在形式上是一个二维数组。如表格模型数据Excel)。
数据库的架构可以大致区分为三个概括层次:内层、概念层和外层。
5. 一般医院数据库都在用什么
好多的医疗企业都在用软素科技,可以提供很多清晰的医院数据库,数据来自于有中国医药协会,中华医学会等等。您的采纳是我的动力
6. 常用医学中文数据库有哪几种,有何特点
医学文献常用数据库:Pubmed
我常用很多跟遗传病有关的数据库,有:OMIM(人类孟德尔遗传数据库)、HGMD(人类基因突变数据库)、Clinvar(NCBI临床突变数据库)、gnomAD(人群频率数据库)、dbSNP(人群频率数据库)、InterVar(位点致病性评判)、GeneReviews(疾病数据库)、PharmGKB(药物基因组数据库)、常用预测软件数据库。
跟CNV分析有关的数据:DGV(基因组变异数据库)、Decipher(拷贝数变异数据库)、ClinGen数据库(剂量敏感判断数据库)、UCSC Genome Browser(基因组浏览器)。
表型库:HPO(人类本体表型库)、CHPO
上面是我常用的数据库,不知是不是您问的内容,当然查文献最多还是在pubmed。
7. 常用的医药文献检索外文数据库有哪些
1.Pubmed
是医学,生命科学领域的数据库,旨在组织、分享科研领域信息。为用户提供文献检索,图片检索,影响因子查询,免费全文下载,国家自然科学基金统计分析等服务
如果是校外没有这些数据库账号,可以从seek68文献馆中找到。而且还省米。
8. 常用的文献检索平台或数据库有哪些
Pubmed是医学,生命科学领域的数据库。提供文献检索,图片检索,影响因子查询,免费全文下载,国家自然科学基金统计分析等服务。
Web of Science数据库是国际公认的反映科学研究水准的数据库。检索精确到文献被收录的期刊、出版公司、作者、日期、页码等。
Seek68文献馆整合了大量知名中外文数据库资源。覆盖各科领域,解决了外文文献下载不了的问题。而且对于疑难文献提供人工帮助。
ProQuest博士论文全文 ,是UMI公司的一个分库。提供期刊、报纸、参考书、参考文献、书目、索引、地图集、绝版书籍、记录档案、博士论文和学者论文集等各种类型的信息服务。
Wiley InterScience收录了360多种科学、工程技术、医疗领域及相关专业期刊、30多种大型专业参考书、13种实验室手册的全文和500多个题目的Wiley学术图书的全文。其中被SCI收录的核心期刊近200种。
OVID是全球着名的数据库提供商﹐在国外医学界被广泛应用。
EMBASE内容涉及药学、临床医学、基础医学、预防医学、法医学和生物医学工程等。除了可以检索丰富的医学文献外,还支持药物和疾病检索。
Ingenta是目前世界最大的期刊数据库之一, 该库收录期刊已超过18,000种,拥有期刊文章索引(或文摘)7百多万篇,广泛覆盖了自然科学与社会科学多种学科的主题。
德国施普林格(Springer-Verlag)是世界上着名的科技出版集团, 通过Springer LINK系统提供学术期刊及电子图书的在线服务。