生物提供原始数据主要包括什么

‘壹’ 什么是原始数据

原始数据（也被称为source
data，源数据或者atomic
data，原子数据）。通常认为数据与信息的区别在于：信息是经过加工处理之后的数据，而数据则是未经加工的数据。按照这种标准，数据也就是原始数据。

并不是所有的原始数据都能成为信息，数据成为信息还要经过筛选、组织然后按照一定的格式进行整理才能成为信息。比如，超市里的POS机每天都会收集到大
量的原始数据，但是，如果不经过处理，这些数据并不能产生什么信息。经过处理之后的超市数据可以显示出很多情况，比如客户喜欢购买什么东西，客户通常逛超
市的时间以及他们购买物品的价格范围等等，这就是信息。这种信息可以用于预测技术，进而制定商业计划，最终赢得市场。

经过处理之后，原始数据会生成一个数据库，数据库中的信息可以用来进一步的处理，经过分析之后，可以用于多种用途。

‘贰’ 原始资料，原始文件，原始数据的定义与区别

个人认为：原始文件包括申办者跟研究者或者CRO三方相互之间签署的一些类似于合同性质的文件和研究者跟受试者签署的治疗方案‘知情同意一系列文件等。原始数据就是指受试者在参与临床试验时产生的第一手，未经过修改的试验数据和记录。包括动物模型试验所产生的试验数据。原始资料指记录原始数据的相关文字资料。包括试验过程的文字记录，试验总结的文字记录，试验相关的文献等。

‘叁’ 转录组原始数据包括什么

转录组原始数据包括递交原始序列。

转录组有两部分数据要递交，首先是拼接的转录组序列，一般递交到tsa上，另一个是fastq的原始测序数据，一般递交到sra上。前两年还有论文只提交tsa不递交原始数据，目前发表的论文基本都要提交。这也是便于其他人可以完全重复你的实验和数据分析的必要要求。

简介

GSA(Genome Sequence Archive)是一个存储基因组、转录组以及其他Omics原始序列数据的数据库。GSA允许用户创建、上传并存储序列数据。GSA提供对项目信息（BioProject）、样本信息（BioSample）、实验信息（Experiment）以及测序数据的有效组织与管理。

‘肆’ 什么叫原始数据，记录原始数据有什么要求

数据库是依照某种数据模型组织起来并存放二级存储器中的数据集合。这种数据集合具有如下特点：尽可能不重复，以最优方式为某个特定组织的多种应用服务，其数据结构独立于使用它的应用程序，对数据的增、删、改和检索由统一软件进行管理和控制。从发展的历史看，数据库是数据管理的高级阶段，它是由文件管理系统发展起来的。 数据库的基本结构分三个层次，反映了观察数据库的三种不同角度。 (1)物理数据层。它是数据库的最内层，是物理存贮设备上实际存储的数据的集合。这些数据是原始数据，是用户加工的对象，由内部模式描述的指令操作处理的位串、字符和字组成。 (2)概念数据层。它是数据库的中间一层，是数据库的整体逻辑表示。指出了每个数据的逻辑定义及数据间的逻辑联系，是存贮记录的集合。它所涉及的是数据库所有对象的逻辑关系，而不是它们的物理情况，是数据库管理员概念下的数据

‘伍’ 生物信息学 下机原始数据分别是什么样的

这个没有明确的数据，持化学进化观点的学者认为：在原始地球中，天空中有时烈日似火，有时雷鸣电闪；地表熔岩滚滚，火山喷发。

原始大气的主要成分有氨、氢气、甲烷和水蒸气等，但没有游离的氧。

‘陆’ 微生物多样性研究中测序原始数据及其处理方式

1. 原始数据的解释及相关概念

原始数据的概念：

A.测序仪完成测序后生产的测序文件，经过单样品拆分后，获得的单样品测序文件。

B.或者  测序仪测序完成后，由测序仪直接拆分的单样品测序文件。

——我们常常称之为“Rawdata”

原始数据展示(illumina测序平台、Fastq格式文件):

Fastq格式文件：基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其质量信息的标准格式，其实质是一种数据存储格式，其序列以及质量都是使用一个ASCII字符标示，最初有Sanger公司开发，目的是将Fasta序列和质量数据放在一起，目前已经成为高通量测序结果的事实标准。

对于Fastq格式文件内容相关解释：

1）第一行以“@”开头，由文件识别标志和读段名（ID）组成；

2）第二行为碱基序列；

3）第三行以“+” 开头，也是由文件识别标志和读段名（ID）组成，其ID可以省略，但“+”不能省略；

4）第四行是第二行中的序列内容每个碱基所对应的测序质量值。

2.  数据质控

高通量测序下机的原始数据raw reads中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。

数据质控的概念：

将原始数据通过系列步骤（或同时进行）质量控制筛选的过程。

质控筛选后的数据，我们常常称之为“Cleandata”，也称之为“可以进行后续分析的序列”。

因各服务商提供的质控标准会略有不同，但大体包含（但不限于）如下几方面：

  1）通过index提取序列，并作测序质量控制，质量达不到设置要求的去除，将序列与样本对应；

  2）通过overlap完成拼接，去除index序列，overlap长度和错配要达到设置的要求，拼接不上的舍弃；

  3）拼接完成且长度达不到设定要求的舍弃。

？问题：Cleandata（可用于分析的序列）跟最终参与分析的序列数量相等吗？

   我们将在OTU聚类环节给出答案。

3.  原始数据的重要性

原始数据一切数据分析的根本。分析过程文件、结果文件可以丢失，原始数据在，分析结果可以重现；原始数据一旦丢失，分析结果则不可重现； 

原始数据应及时索取或保存。 

获取方式

    1）服务商提供：硬盘、网盘、U盘、邮件等数据载体。

    2）自留保存：硬盘、上传NCBI等数据载体。

文章发表时，均需要上传NCBI，并获得唯一项目号。

‘柒’ 生物信息学分析的数据对象主要有哪几类

很多种分类方法，不知道你想说哪种呢？
有一级数据和二级数据之分。前者是未经加工未经分析的原始数据，也叫raw数据，就是本来的各种序列的排布之类的。后者是一些加工过的，有加工者理解在其内的，比如说：其中某些基因是治病基因的（基因注释）等。

也有按照内容分的，有DNA序列，cDNA序列，ncDNA序列，RNA序列，蛋白质序列等等各种。

也有其他的分类方法，诸如按照测序方法分类的，按照测序的实验室分类的。

‘捌’ pcr原始数据怎么提供

查询资料。pcr原始数据包括原始图片，甚至还有荧光定量(qRT-PCR)的原始数据。还有的机构要求有溶解曲线，扩增曲线，没有经过任何修饰的免疫组化、免疫荧光图片。原始证物就是我们文章结果真实性的(证物)。假如真的是由于疏忽，非主观造假，那么可以查原始数据，有很多质疑的发表了十几年的文章也是通过提供了原始的实验数据和资料进行了更正。

‘玖’ 实验室检测原始记录包括哪些信息

做为原始记录，首要条件要保证检测事件的追溯性，主要包括：人、机、料、法、环、时间等方面。

常见基本内容有：

1、检验方法

2、检测时间

3、检测物料名称

4、检测物料编号

5、检测项目

6、检测过程中需要记录的各种数据

7、检验结果

8、检测人

9、审核人

10、所用设备、环境情况如湿度、温度（所用设备、环境如果对检测影响较大的情况）。

(9)生物提供原始数据主要包括什么扩展阅读：

实验检测原始记录的填写、计算、复核制度：

1、实验人员在进行实验过程中，要认真做好相关实验记录，做到数据真实、准确，不得随意涂改和过后补填。

2、原始记录按要求的格式和内容填写，按统一的编号规则编号，记录填写内容完整齐全、字迹清晰，书写一律采用碳素钢笔或签字笔，不得使用铅笔、圆珠笔或红色笔。

3、原始记录不得随意涂改，如有记错时，应对错误数据划“ = ”道横线，将正确的数据写在上方，并加盖更改人印章，更改印章每张记录不应超过两处；原始记录空白地方应划上斜杠以示资料完整，原始记录的有效数字应严格按规程修约与保留。

4、应记录使用主要仪器的型号、编号、量程等，对有温、湿度要求的检测项目应记录测试过程的温度、湿度。

5、 原始记录应注明试验检测时所用的标准号，必须有试验、计算、复核人签署姓名，不得漏签或代签。

6、 原始记录必须复核，复核的主要内容有：

（1）、采用的检测标准和评定标准是否正确，选用仪器精度或量程是否恰当。

（2）、记录数据是否准确，计算数据是否正确，保留有效位数和数字修约是否符合规范。

（3）、采用法定计量单位是否正确。

（4）、用语是否准确、规范。

（5）、填写项目及签名、日期是否完整。

7、 原始记录完成后应及时出具试验报告并交资料员归档管理，不得影响试验检测的时效性。

8、 实验过程中如果遇到停电、仪器设备发生故障、要及时报告实验室负责人，检修后重新试验，并在实验记录中注明。

参考资料

网络-检查记录

网络-原始记录

‘拾’ 原始资料收集包括哪些主要内容

原始资料调查内容一般包括建设场址的勘察和技术经济资料的调查，具体内容一般包括: 1、水利水电工程建设场址勘察 1)地形、地貌勘察 2)工程地质勘察 3)水文地质勘察 4)气象资料的调查 5)周围环境及障碍物的调查
拓展资料：
1.原始资料（firsthand data，original data），指的是在所有地质调查工作中获得的第一手材料（第一性资料）。原始资料是进行各项综合整理、分析研究的基础。原始资料是进行各项综合整理、分析研究的基础。如区域地质调查中的原始资料包括：地质观察路线、实测剖面、矿点检查、物化探工作等的原始记录和图件；各类岩石、矿物、古生物标本和各种样品采样、鉴定记录；金属量测量（包括水系沉积物测量）、重砂分析、薄片等的分析鉴定成果；还有各种数据、登记卡片、登记簿、数据处理程序及记录等。上述资料的齐全、详细和可靠程度，将直接影响地质图件的质量和地质矿产的研究程度。
2.收集方法 首先，要明确资料的收集范围，如地域范围、时间范围，编专业志还要限以专业范围。地域范围是根据行政区域所确定的范围，但应注意收集有关部门经济、文化辐射与被辐射等超越地域范围的资料。时间范围是每部志书凡例所规定的上下限。专业范围，凡专业所涉及的内容均在范围之内，应注意打破部门界限，不要收集专业以外的非专业资料。 其次，要了解资料的来源，资料来源极其广泛，根据资料的不同存在形式，一般分为文字资料、实物资料、口传资料、音像资料、图片资料。
3.其中文字资料是编修地方志主要的资料来源，涉及面广，主要包括档案、报刊、史志、谱牒、私人着述、工商实业资料等方面。实物资料，指那些具有历史价值的实物，如文化遗址、古墓葬、文物、金石、地图、艺术品、建筑物等，都是考察和研究地方经济文化发展的重要资料