如何往geo上傳數據

㈠ leica geo office如何傳出數據

1. 以軟體的例子數據為例,預設路徑為:C:Documents and SettingsAll UsersDocumentsLGOSample dataImport

   GPS Real TimeSample RT 1200-0100。

   建立新的項目,將Sample RT 1200-0100輸入,進入"查看/編輯"選項卡

2. 點擊工具欄上的輸出----GIS/CAD數據。

3. 右鍵單擊上圖中查找表右側的藍色區域,新建一個查找表,設置如圖所示
   

   

㈡ 如何將rna-seq的數據提交到ncbi中geo

其實很簡單，
1.首先建立一個meta file，即包含實驗信息的文件
2.將測序的fastq（*.fq或*.fastq）文件准備好，此為原始數據（必須）。
3.將每個fastq文件處理後（去接頭，合並相同序列）的序列整理為SEQ
COUNT兩列的文件即可，此為處理後數據（應該也是必須）
4.將這些文件壓縮為文件包（zip或RAR），命名為:賬戶名(你的GEO賬戶名).rar
5.上傳至ftp://geo:[email protected]/fasp，因為文件較大，推薦使用flashXP；除非網路好，超快。
6.寫一份郵件給GEO的網管：[email protected]，說明你的數據已經上傳，讓其盡快發布，
我寫的例子：
Dear
Sir,
We would like to submit our Illumina Genome Analyzer results to your GEO
web site.
We have upload our data file zmyang_files.rar to ftp://geo:[email protected]/fasp under the
GEO account user name xxx.

xxx.rar includes:
Illumina meta file:

GEO_Illumina_metadata.xls
processed data
files:
x.txt
y.txt
z.txt
raw data files in fastq
format:
x.fq
y.fq
z.fq
We want to release our data ASAP.
Thanks.

該流程我已重復n次，親自手寫流程，保證可靠。
實際該流程在GEO網站是有個大概的，但是所言含糊，需分析邏輯而後得其詳。 轉載

㈢ 怎麼往GeoScene online添加數據

往GeoScene online添加數據要登錄主頁。
1、登錄GeoServer主頁，依次選擇「數據存儲」->「添加新的數據存儲」。
2、新建數據源，選擇「PostGIS-PostGIS Database」。
3、輸入連接PostgreSQL信息，
4、點擊保存按鈕，成功後會進入到圖層發布界面。
5、點擊「發布」後進入到編輯圖層界面，設置相關信息後，點擊保存即可。
6、這樣在圖層列表中就出現了我們剛添加的PostGIS數據源了。
7、在左側點擊「Layer Preview」後，從右側找到對應的圖層。
8、點擊OpenLayers即可打開預覽效果，因為目前要素圖層沒有數據，所以顯示地圖是一個空的。

㈣ 向GEO上傳數據是一張晶元上傳一次，然後等待編輯聯系修改，還是所有的晶元CEL結果壓縮後一起上傳，謝謝

我也遇到這個問題，貌似上傳的是.cel等原始文件吧，我正在問相關的負責人。當然你的問題我也還沒搞清楚答案，一起學習下吧
Q：848488175

㈤ 如何在geo資料庫找想要的資料庫

1、首先GEO資料庫是個什麼鬼呢？
GEO資料庫全稱GENE EXPRESSION
OMNIBUS，是由美國國立生物技術信息中心NCBI創建並維護的基因表達資料庫。它創建於2000年，收錄了世界各國研究機構提交的高通量基因表達數據，也就是說只要是目前已經發表的論文，論文中涉及到的基因表達檢測的數據都可以通過這個資料庫中找到。
2、那GEO資料庫有哪些檢索入口呢？
最常用的有兩種方式，如果你知道GSE編號可以通過網址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo直接進入，具體編號介紹文件下載方法見：https://www.omicsclass.com/article/1100
另外一種就是通過NCBI主頁的入口基因搜索下載。通常是不知道GEO編號，通過樣品類型，實驗處理，平台信息等搜索篩選想要的GEO數據：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，進入NCBI主頁，搜索數據選擇GEO DataSets，如果搜索某個基因表達量可選擇GEO Profiles。

㈥ 如何利用GeoServer發布衛星地圖服務

方法/步驟
環境配置
由於GeoServer是基於J2EE的開源項目，需要java的運行環境，所以需要安裝JDK；其次，要訪問geoserver的服務，需要tomcat伺服器。
3.1搭建java運行環境
直接安裝附件內的JDK1.8即可，安裝完成後點擊「開始」→「運行」，在彈出的對話框內輸入「cmd」進入管理員界面，在界面內輸入「java -version」（注意java和-version之間有一個空格），出現圖4所示的界面，則說明java環境已經搭建完成。
說明：如果此處未出現圖4所示的界面，說明java運行環境未搭建好，可以去網上查閱配置java環境變數的相關資料。2.創建tomcat伺服器
按默認安裝tomcat即可，注意記下tomcat的安裝目錄（安裝目錄可以任意選擇，不一定要安裝在C盤）之後需要在安裝目錄下解壓geoserver.war。

配置GeoServer
安裝好tomcat後，將附件內的geoserver.war，復制到tomcat的webapps目錄下，例如我的tomcat安裝在C盤，此處的完整路徑為C:\Program Files\Apache Software Foundation\Tomcat 7.0\webapps在安裝目錄Tomcat 7.0文件夾內找到bin文件夾，進入並雙擊「Tomcat7.exe」運行，用以解壓geoserver.war壓縮包，解壓完成後再次回到webapps文件夾，可以看到現在已經生成了一個geoserver文件夾，說明已經解壓好了geoserver。geoserver.war為geoserver的工程文件，解壓完成後可以將其刪除，也可將其留在webapps文件夾內。
安裝好tomcat後在瀏覽器輸入http://localhost:8080/geoserver/web/即可打開geoserver，默認的用戶名為：admin,密碼為：geoserver，登陸後效果如圖10。

發布地圖服務
1.發布shp格式地圖
1.1新建工作空間
點擊「工作空間」→「添加新的工作空間」（圖11），在出現的頁面中添加工作空間的名稱（盡量用英文）和對應的url（這里輸入的url為http://www.metarnet.com/gis）並將其設置為默認工作空間。
1.2新建數據集
數據准備，在geoserver文件夾內的data文件夾內新建一個文件夾t_shapes（圖13）用來存放shp數據，將准備好的矢量數據全部放在此文件夾內（shp文件最好以英文的方式命名）。
點擊「所有數據集」→「添加一個新的數據集」，在出現的頁面中選擇「矢量數據源」→「Directory of spatial files (shapefiles)」，將整個文件夾的shp文件添加進來。點擊「Directory of spatial files (shapefiles)」後，在出現的頁面選擇好工作空間，設置好數據源的名稱，然後選擇數據源的路徑。
單擊「保存」後，會出現「新圖層」界面，可以看到已經載入進入的shp文件圖層，點擊「發布」，可以選擇某個地圖進行發布。
在彈出的「編輯圖層」界面內設置好名稱、標題和關鍵字，下拉，選擇「geoserver提供給客戶端的SRS」（即選擇坐標系），這里選擇「EPSG:4326」（即WGS84坐標）和生成邊界框的坐標（可點擊自動生成）。
註：這兩個部分是必須要填寫的，不可缺少。單擊「保存」後會出現「所有圖層」界面，點擊「添加一個新資源」，在「新圖層」界面選擇之前導入的數據源。
最後，點擊「Layer預覽」，可以查看到已經發布的圖層，點擊「OpenLayers」即可預覽發布的地圖。同時，我們也可以在「所有格式」一欄點擊「選擇一個」下拉菜單將發布的地圖導出成kml、jpg、tif等多種格式。如果想要同時發布多個圖層的話，只需要在預覽的鏈接內多增加幾個圖層就行了，示例：
原鏈接：
http://localhost:8080/geoserver/TEST/wms?service=WMS&version=1.1.0&request=GetMap&layers=TEST:Build&styles=&bbox=114.1510858193551,26.307060704787773,115.43754023979032,27.769242374236235&width=450&height=512&srs=EPSG:4326&format=application/openlayers
修改後增加的鏈接：
http://localhost:8080/geoserver/TEST/wms?service=WMS&version=1.1.0&request=GetMap&layers=TEST:Build,TEST:City&styles=&bbox=114.1510858193551,26.307060704787773,115.43754023979032,27.769242374236235&width=450&height=512&srs=EPSG:4326&format=application/openlayers
修改後的鏈接增加了一個圖層，圖層名稱為City（註：此圖層必須為已發布的圖層），修改後的地圖載入如圖。
2.發布tif格式衛星圖
類似於發布shp格式的地圖，發布tif衛星圖之前也要在geoserver的data文件夾下新建一個文件夾，命名「t_raster」。在添加數據集的時候選擇「刪格數據集」→「GeoTIFF」，其餘設置類比發布shp地圖。
發布後，在「Layer預覽」中找到發布的tif圖片，點擊「OpenLayers」即可預覽，發布的衛星地圖。
說明：此處發布的tif圖片大小不宜超過2G，超過之後會影響數據的讀寫。

結語
通過以上的步驟我們就已經成功的發布了shp格式和tif格式的地圖，發布地圖的關鍵在於要搭建好java運行環境和准備好tomcat伺服器。說明一下，在整個發布地圖的過程中應該時刻使tomcat處於打開狀態即存在下圖所示的窗口，否則無法正常使用geoserver的服務。

㈦ GEO資料庫z怎麼輸入數據集

可以在資料庫里進行輸入。
GEO資料庫全稱Gene Expression Omnibus database，是由美國國立生物技術信息中心NCBI創建並維護的基因表達資料庫。它創建於2000年，收錄了世界各國研究機構提交的大多數高通量基因表達數據，GEO除了二代測序數據，還包含晶元測序、單細胞測序數據。
GEO資料庫數據類型：
GEO資料庫里的數據是免費的，可以直接在線下載。但是，在下載數據之前要了解GEO資料庫的4個概念和4個數據存放類型：GSE數據編號(Series)、GPL數據編號(GEO platforms)、GSM數據編號(Samples)、GDS數據編號(Datasets)
一篇文章可以有一個或者多個GSE(Series)數據集，一個GSE裡面可以有一個或者多個GSM(Samples)樣本，而每個數據集都有著自己對應的晶元平台，就是GPL(GEO platforms)。GSE編號一般為作者提交時生成的原始數據編號，後續NCBI中的工作人員會根據研究目的、樣品類型等信息歸納整合為一個GDS(Datasets)，整理後的數據還會有GEO profile數據，也就是基因在這次實驗中的表達數據。GDS裡面的數據往往對應相同的平台具有可比性，另外，不是所有的GSE數據都能被整理，所以，有的GSE數據裡面沒有GDS數據也是正常。

㈧ 在ARCGIS中如何把SHP數據導入GEODATABASE

catalog裡面 shap數據右鍵export ----to GEODATABASE (single)/to GEODATABASE （multiple）
發的gitu圖片不能動畫播放，要不看下就會了。

㈨ 在GEO上傳基因晶元數據，急求幫助

將基因表達譜晶元的數據按照指定的格式和要求上傳到NCBI 的GEO Datesets 上面的方法
你到GEO上注冊，然後按照他們的步驟做，他們會有人聯系你來確保數據質量的 。格式等直接問他們就可以。通常是SOFT格式。
GEO Database
近年來，利用高通量方法檢測基因表達越來越普及，諸如微陣列雜交和基因表系列分析（SAGE）可以同時測量數以萬計的基因轉錄腳本（gene transcript）。基因表達大棚車（GEO：Gene Expression Omnibus）則是歸檔和自由分發科研人員提交的高通量基因表達數據的公共倉庫。目前，GEO存儲了大約10億單個基因表達的數據，來自於100多種生物，內容廣泛涉及到各種生物學問題。這些大容量的數據可以使用用戶友好的以Web為基礎的工具進行有效的挖掘，檢索和可視化表達。

㈩ 怎麼上傳microarray數據到geo資料庫

資料庫, Geoserver, PostGIS, shapefile, 訪問geoserver中一個FeatureType對應一個地圖的圖層，同一個FeatureType里的所有要素的幾何類型都相同，即不允許點和線同層等類似情況出現。FeatureType中規定著這個圖層的樣式范圍等信息，創建它之前，首先要創建「資料庫」，也就是數據源。geoserver支持許多不同類型的數據，下面以shapefile和postgis空間資料庫為例說明如何添加數據。
在添加數據之前，您需要新建一個名字空間，具體過程如下：
① 使用IE瀏覽器進入http://localhost:8080/geoserver/頁面。
② 點擊「配置」，並輸入之前您設置的用戶名和密碼登陸。
③ 再點擊「數據」、「名字空間」、「新建」。
④ 輸入「前綴」，即名字空間的名字。
⑤ 輸入url，例如可以輸入貴公司的網址。（前綴和url在今後的客戶端xml配置中需要用到）。
⑥ 按下窗口左側的「應用」、「保存」兩個按鈕。
如何添加shapefile類型數據到geoserver？
① 首先將××.shp ××.shx ××.dbf文件放入geoserver\data\data文件夾中。
② 使用IE瀏覽器進入http://localhost:8080/geoserver/頁面。
③ 點擊「配置」，並輸入之前您設置的用戶名和密碼登陸。
④ 再點擊「數據」、「資料庫」、「新建」，Feature數據描述選擇Shapefile，Feature數據集 ID輸入這個shapefile數據源的名稱。
⑤ 之後出現「Feature數據集編輯器」界面，名字空間選擇您之前設置的名字空間，url中輸入file:data/×××.shp，charset輸入GB2312。按下「提交」按鈕。
⑥ 按下窗口左側的「應用」、「保存」兩個按鈕。
⑦ 點擊「配置」、「數據」、「FeatureTypes」、「新建」。FeatureType名選擇×××:::×××，×××為您上面輸入的Feature數據集 ID，按下「新建」按鈕。
⑧ 之後出現「FeatureType 編輯器」界面，樣式選擇一個您設定的樣式（樣式如何製作在後面將詳細介紹）。SRS（空間引用系統）輸入數據的坐標系，如果為WGS84那麼就輸入4326。按下邊界盒狀模型旁邊的「生成」按鈕，即可自動生成改shapefile的范圍，您可以手動修改這些值。按下頁面最下方的「提交」按鈕。
⑨ 按下窗口左側的「應用」、「保存」兩個按鈕。
在添加postgis數據到geoserver之前，您需要將數據導入到postgis資料庫中，如何將shapefile數據導入postgis資料庫？操作如下：
① 生成sql腳本。使用shp2pgsql程序生成shp文件對應的sql腳本。假定PostgreSQL安裝路徑為默認，那麼單擊windows開始菜單、運行、輸入cmd、回車。輸入命令行"C:\Program Files\PostgreSQL\8.3\bin\shp2pgsql" -W "GBK" D:\×××.shp ××× > D:\×××.sql 其中×××為shp文件名，盤符根據你shp文件所在位置設置。
② 運行步驟1生成的sql腳本，導入數據到資料庫。使用psql程序運行腳本。假定PostgreSQL安裝路徑為默認，那麼單擊windows開始菜單、運行、輸入cmd、回車。輸入命令行"C:\Program Files\PostgreSQL\8.3\bin\psql" -d postgis -f D:\×××.sql postgres 其中×××為sql腳本文件名，postgis為資料庫名。之後提示您輸入資料庫密碼，輸入密碼之後，按下回車，自動將數據導入資料庫。
如何添加postgis數據到geoserver？
① 使用IE瀏覽器進入http://localhost:8080/geoserver/頁面。
② 點擊「配置」，並輸入之前您設置的用戶名和密碼登陸。
③ 再點擊「數據」、「資料庫」、「新建」，Feature數據描述選擇Postgis，Feature數據集 ID輸入這個postgis數據源的名稱。
④ 之後出現「Feature數據集編輯器」界面，名字空間選擇您之前設置的名字空間，host輸入Postgis資料庫所在伺服器的ip地址，如果是本機，那就輸入localhost，port輸入postgis資料庫的埠，默認為5432，database輸入postgis資料庫的名稱，一般為postgis，這取決與您安裝postgis時設定的名字。user輸入默認的postgres。passwd輸入密碼。按下「提交」按鈕。
⑤ 按下窗口左側的「應用」、「保存」兩個按鈕。
⑥ 點擊「配置」、「數據」、「FeatureTypes」、「新建」。FeatureType名選擇AAA:::BBB，其中AAA為您上面輸入的Feature數據集 ID，BBB為postgis資料庫中的一個表的名字，這個表應該是您之前導入的。
⑦ 之後出現「FeatureType 編輯器」界面，樣式選擇一個您設定的樣式（樣式如何製作在後面將詳細介紹）。SRS（空間引用系統）輸入數據的坐標系，如果為WGS84那麼就輸入4326。按下邊界盒狀模型旁邊的「生成」按鈕，即可自動生成改shapefile的范圍，您可以手動修改這些值。按下頁面最下方的「提交」按鈕。
⑧ 按下窗口左側的「應用」、「保存」兩個按鈕。