蛋白質序列資料庫有哪些

❶ in cell and developmental biology屬於哪個資料庫

in cell and developmental biology屬於生物信息學資料庫
生物信息資料庫可以分為一級資料庫和二級資料庫。
一級資料庫的數據都直接來源於實驗獲得的原始數據，只經過簡單的歸類整理和注釋；
二級資料庫是在一級資料庫、實驗數據和理論分析的基礎上針對特定目標衍生而來，是對生物學知識和信息的進一步整理。國際上著名的一級核酸資料庫有Genbank資料庫、EMBL核酸庫和DDBJ庫等；蛋白質序列資料庫有SWISS-PROT、PIR等；蛋白質結構庫有PDB等。國際上二級生物學資料庫非常多，它們因針對不同的研究內容和需要而各具特色，如人類基因組圖譜庫GDB、轉錄因子和結合位點庫TRANSFAC、蛋白質結構家族分類庫SCOP等等。

❷ 蛋白質資料庫包括哪四種

PIR：蛋白質信息資源
SWISS-PROT：蛋白質序列和註解
PDB：國家實驗室蛋白質資料庫
MMDB:蛋白質分子模型資料庫

❸ 蛋白質序列資料庫的介紹

指應用計算機功能分析生物學信息的資料庫。應用計算機的運演算法則，比較DNA和蛋白質序列而檢測結構、功能和序列之間的進化關系。各種基因組的序列產生大量的DNA序列數據和生物信息，已經被應用於研究基因的功能，預測以前未知的基因功能。現在人們的注意力主要集中在從僅有的氨基酸序列預測蛋白質結構和功能。

❹ 蛋白質序列資料庫的資料庫分類

PIR資料庫按照數據的性質和注釋層次分四個不同部分，分別為PIR1、PIR2、PIR3和PIR4。PIR1中的序列已經驗證，注釋最為詳盡；PIR2中包含尚未確定的冗餘序列；PIR3中的序列尚未加以檢驗，也未加註釋; 而PIR4中則包括了其它各種渠道獲得的序列，既未驗證，也無注釋。除了PIR外，另一個重要的蛋白質序列資料庫則是SwissProt。該資料庫由瑞士日內瓦大學於1986年創建，目前由瑞士生物信息學研究所(Swiss Institute of Bioinformatics，簡稱SIB)和歐洲生物信息學研究所 EBI共同維護和管理。瑞士生物信息研究所下屬的蛋白質分析專家系統(Expert Protein Analysis System,，簡稱ExPASy)的Web伺服器除了開發和維護SwissProt資料庫外，也是國際上蛋白質組和蛋白質分子模型研究的中心，為用戶提供大量蛋白質信息資源。北京大學生物信息中心設有ExPASy的鏡象。PIR和SwissProt是創建最早、使用最為廣泛的兩個蛋白質資料庫。隨著各種模式生物基因組計劃的進展，DNA序列特別是EST序列大量進入核酸序列資料庫。蛋白質序列資料庫TrEMBL是從EMBL中的cDNA序列翻譯得到的。TrEMBL資料庫創建是於1996年[Bairoch, 2000]，意為「Translation of EMBL」。該資料庫採用SwissProt資料庫格式，包含EMBL資料庫中所有編碼序列的翻譯。TrEMBL資料庫分兩部分，SP-TrEMBL和 REM-TrEMBL。SP-TrEMBL中的條目最終將歸並到SwissProt資料庫中。而Rem-TrEMBL則包括其它剩餘序列，包括免疫球蛋白、T細胞受體、少於8個氨基酸殘基的小肽、合成序列、專利序列等。與TrEMBL類似，GenPept是由GenBank翻譯得到的蛋白質序列。由於TrEMBL和GenPept均是由核酸序列通過計算機程序翻譯生成，這兩個資料庫中的序列錯誤率較大，均有較大的冗餘度。另一個常用的蛋白質序列資料庫是已知三維結構蛋白質的一級結構序列資料庫NRL-3D[Namboodiri, 1990]。該資料庫的序列是從三維結構資料庫PDB中提取出來。

❺ 蛋白質組學目前有哪些資料庫

NCBI資料庫，包括
蛋白質序列資料庫
是從NCBI多個不同資源中編譯整理的。
蛋白質結構資料庫
包含來自X線晶體學和三維結構的實驗數據。其數據從PDB（Protein Data Bank）獲得。

❻ uniprot蛋白質序列資料庫由哪幾部分組成各有什麼特點

將PIR、SWISS-PROT和TrEMBL3個蛋白質資料庫統一-起來組建而成，包含3個部分:
(1)
UniProt
Knowledgebase
(UniProtKB)
，這是蛋白質序列、功能、分類、交叉引用等蛋白質知識庫，記錄經過人工篩選和注釋;
■
(2)
UniRef
(
UniProt
Non-rendant
Reference
)
資料庫，將密切相關的蛋白質序列組合到一條記錄中，以便提高搜索速度;目前，根據序列相似程度形成3個子庫，即UniRef100、UniRef90和UniRef50;
■
(3)
UniParc
(UniProt
Archive)，是UniProt存檔庫
,
收錄所有蛋白質序列。用戶可以通過文本查詢資料庫，可以利用BLAST程序搜索資料庫，也可以直接通過FTP下載數據。

❼ 為什麼說swiss-prot是重要的蛋白質序列資料庫

SWISS-PROT是含有詳細注釋內容的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學中心（EBI）維護，目前已合並入 UniProt資料庫，旨在幫助基因組和蛋白質組以及相關的分子生物學研究人員提供有關蛋白質氨基酸序列的最新信息。
SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立
了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。SWISS-PROT資料庫包含了EMBL核酸序列資料庫中被經過仔細檢查和准確注釋了
的蛋白質序列，一般地，任何蛋白質序列數據的搜尋和比較都應從SWISS-PROT開始。

SWISS-PROT蛋白質序列數據由大量序列條目組成，每一個序列條目
有其自己的格式。為了標准化的目的，SWISS-PROT的格式與EMBL核酸序列資料庫的格式盡可能類似。SWISS-PROT涉及已知蛋白質的序列、
引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關
系、序列變異體和沖突等信息。利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序
獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。

❽ 常用的查詢蛋白質結構以及序列的資料庫主要有哪些

1. PIR和PSD
PIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫，可在這里下載。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。
PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
3. PROSITE
PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。

❾ 列舉常用的生物信息學資料庫及序列對比常用軟體及特點

一般來說所用的分析工具有在線跟下載的 下面簡要列舉一些常用在線軟體的使用 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，輸出序列長度、載體序列的區域、可能使用的克隆載體都有哪些。一、步驟：
打開google 首頁，搜索VecScreen，進入VecScreen首頁，復制序列，運行，View report。
二、結果：
輸出序列長度918bp，
載體序列的區域456bp——854bp.
克隆載體：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。
2、使用相應工具，分析下列未知序列的重復序列情況，輸出重復序列的區域、包含的所有重復序列的類型、重復序列的總長度及Masked Sequence。
一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的。
進入google首頁，搜索RepeatMasker，進入RepeatMasker主頁，進入RepeatMasking，復制序列，DNA source選擇human，運行！點擊超鏈接，在結果中選擇
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，輸出CpG島的長度、區域、GC數量、所佔的百分比及Obs/Exp值。一、步驟：
進入google首頁，搜索CpGPlot，進入CpGPlot主頁，program中選擇cpgreport復制序列，運行！
二、結果：

CpG島的長度：385bp
區域：48——432；
GC數量：Sum C+G=297，百分數=77.14
Obs/Exp：1.01
4、預測下面序列的啟動子，輸出可能的啟動子序列及相應的位置。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的
進入google首頁，搜索Neural Network Promoter Prediction，進入主頁，復制序列，選擇eukaryote，運行！
二、結果：

位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；
5、運用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分別輸出內含子－外顯子剪接位點給體和受體的區域及剪接處位置的鹼基。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是human的
進入google首頁，搜索Splice Site Prediction，進入主頁，復制序列。Organism選擇Human or other。其他默認，運行！
二、結果：
供體：

受體：
6、對下面序列進行六框翻譯，利用GENESCAN綜合分析(首先確定給定序列的物種來源)哪個ORF是正確的，輸出六框翻譯（抓圖）和GENESCAN結果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 兩個部分)。一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST。得出序列是Zea的
進入google首頁；搜索NCBI，進入主頁，選擇all resources（A~Z），選擇O，選擇ORF finder。復制序列，默認，運行！
二、結果：ORF圖
三、步驟：進入google首頁，搜索GENESCAN，進入主頁，Organism:Maize， ，其他默認，運行！
四、結果：
G7、進入REBASE限制性內切酶資料庫，輸出AluI、MboI、EcoI三種內酶的Recognition Sequence和Type。
一、步驟：進入google首頁，google in English，搜索REBASE，進入主頁， 分別輸入AluI、MboI、EcoI，運行！
在MboI中選擇第一個，EcoI選擇第二個。
二、結果：
ENSCAN圖
8、使用引物設計工具，針對下列未知序列設計一對引物，要求引物長度為20-25bp，擴增產物長度300-500bp，退火溫度為50-60℃。請寫出選擇的一對引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相應的GC含量、引物的位點、Tm值和產物長度。一、步驟：進入google首頁，搜索genefisher，進入主頁，復制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；設置一下引物長度為20-25bp，擴增產物長度300-500bp，退火溫度為50-60℃； 。
二、結果：

GC含量：

引物的位點：

Tm值：

產物長度：。

9、將下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析，用產生平末端及有四個酶切位點的酶進行酶切，並用抓圖提交膠圖（view gel），要求1.4% agarose和Marker為100bp DNA Ladder。
一、步驟：
進入google首頁，進入ICBI主頁，對序列進行BLAST，得知是linear。
進入google首頁，搜索NEBcutter 2.0，進入主頁，選擇linear，運行！選擇custom digest， ，把「1」改為「4」，選擇平末端，後digest。View gel。選擇1.4% agarose和Marker為100bp。
二、結果：

然後就是蛋白質的了一般都在expasy里swiss-prot 適用於檢索的 compute pi/mw 求理論分子量 分子量 protparam物理化學性質 protscale親水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化學試劑處理後的內切產物
NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank資料庫

資料庫相似性搜索——核酸序列與核酸資料庫比較（BLASTN）
蛋白質序列與資料庫中蛋白質序列比較（BLASTP）
兩序列比對（Align two sequences）

DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)

分析實驗序列外顯子部分——GENSCAN（http://genes.mit.e/GENSCAN.html）
分析實驗序列的可能酶切位點——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
註： Custom digest -- view gel

限制性內切酶資料庫——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)

設計引物擴增實驗序列——Genefisher
Primer 3

蛋白質序列分析及結構預測：
1.預測蛋白質的分子量及等電點:ExPASy（Compute pI/Mw）
2.分析蛋白質的基本物理化學性質：ExPASy（ProtParam）
3.分析蛋白質的親水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）
4.分析蛋白質在各種蛋白酶和各種化學試劑處理後的內切產物：ExPASy（PeptideMass） [* ：kinase K]
5.分析蛋白質的信號肽：ExPASy（SignalP）
6.預測蛋白質的二級結構：ExPASy（Jpred 3）

多物種分子系統發育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W

人脂聯素蛋白質序列：NP_004788
人類胰島素生長因子IB前體：P05019