① 怎麼用origin做go分析圖
1、首先打開origin圖，可以看到一個表格，分別寫上標題、單位、注釋和作圖的數據。
2、可以直接在origin表格中輸入數據或者通過excel表格粘貼到表格中。
3、直接選中X、Y軸要作圖的數據。點擊表格下方圖形類型的快捷按鈕，可以得到所要做的圖形；或者點擊Plot製作圖形。
4、得到圖形，根據需要還可以改變圖形的類型以及對圖形進行設置等等。
② 什麼是GO富集分析，常說的GO功能分析、功能分析、Pathway分析是什麼意思
Gene
Ontology可分為分子功能（
Molecular
Function），
生物過程
（
biological
process）和細胞組成（cellular
component
）三個部分。蛋白質或者基因可以通過ID對應或者序列注釋的方法找到與之對應的GO號，而GO號可對於到Term，即功能類別或者細胞定位。
功能富集分析:
功能富集需要有一個參考
數據集
，通過該項分析可以找出在統計上顯著富集的GO
Term。該功能或者定位有可能與研究的目前有關。
GO功能分類是在某一功能層次上統計蛋白或者基因的數目或組成，往往是在GO的第二層次。此外也有研究都挑選一些Term，而後統計直接對應到該Term的基因或蛋白數。結果一般以
柱狀圖
或者
餅圖
表示。
1.GO分析
根據挑選出的
差異基因
，計算這些差異基因同GO
分類中某（幾）個特定的分支的
超幾何分布
關系，GO
分析會對每個有差異基因存在的GO
返回一個
p-value
，小的p
值表示差異基因在該GO
中出現了富集。
GO
分析對實驗結果有提示的作用，通過差異基因的GO
分析，可以找到富集差異基因的GO分類條目，
尋找不同
樣品的差異基因可能和哪些基因功能的改變有關。
2.Pathway分析
根據挑選出的差異基因，計算這些差異基因同Pathway
的超幾何分布關系，Pathway
分析會對每個有差異基因存在的pathway
返回一個p-value，小的p
值表示差異基因在該pathway
中出現了富集。
Pathway
分析對實驗結果有提示的作用，通過差異基因的Pathway
分析，可以找到富集差異基因的Pathway
條目，尋找不同樣品的差異基因可能和哪些細胞通路的改變有關。與GO
分析不同，pathway
分析的結果更顯得間接，這是因為，pathway
是蛋白質之間的相互作用，pathway
的變化可以由參與這條pathway
途徑的蛋白的表達量或者蛋白的活性改變而引起。而通過晶元結果得到的是編碼這些蛋白質的mRNA
表達量的變化。從mRNA
到蛋白表達還要經過microRNA
調控，翻譯調控，
翻譯後修飾
（如
糖基化
，
磷酸化
），蛋白運輸等一系列的調控過程，mRNA
表達量和蛋白表達量之間往往不具有
線性關系
，因此mRNA
的改變不一定意味著蛋白表達量的改變。同時也應注意到，在某些pathway
中，如EGF/EGFR
通路，細胞可以在維持蛋白量不變的情況下，通過蛋白磷酸化程度的改變（調節蛋白的活性）來調節這條通路。所以晶元數據pathway
分析的結果需要有後期蛋白質功能實驗的支持，如Western
blot/ELISA，IHC（
免疫組化
），over
expression
（過表達），RNAi（RNA
干擾），knockout（基因敲除），trans
gene（轉基因）等。
3.基因網路分析
目的：根據文獻，資料庫和已知的pathway
尋找基因編碼的蛋白之間的相互關系(不超過1000
個基因)。
③ 晶元分析中的go分析 和 pathway分析 怎麼解讀
晶元分析中的go分析解讀：
基因本體（gene ontology），簡稱GO，是一種描述基因或基因產物基本特性的詞彙，由基因本體協會開發。
GO資料庫在建立注釋基因和蛋白質知識的標准詞彙體系，使各資料庫中基因產物功能描述相一致，隨著研究的深入，基因本體語義詞彙也在不斷更新。
Gene Ontology的分析，就是把你的基因的功能歸類注釋。
晶元分析中的pathway分析解讀 ：
Pathway Analysis就是把基因、蛋白或者分子放到「Map」到某個特定的經典代謝或者調控網路，或者自己根據你的分子集的作用關系與功能，形成自己的特異的pathway。這對於闡釋分子作用機理，找到Biomarker等非常重要。
1.Pathway功能分析及顯著性判斷
對差異表達基因進行Pathway功能分析，並計算Pvalue進行顯著性判斷，Pvalue越小，表明該pathway變化越顯著，並可對每條Pathway通路圖進行展示，同時在相應的位置標注差異表達基因。
2. Pathway中基因相關性分析
根據每兩個基因共出現在同一pathway中的次數統計，繪制基因共相關點線圖，進而得到不同pathway上基因的關聯情況。在分析工具上點擊「cell differentiation」，在「Term Information」中描述了細胞分化術語的基本信息，包括樹形及與父結點、子節點關系。
對於未知基因名的序列，可以用序列直接檢索GO資料庫。點擊AmiGO首頁上方的「BLAST」，進入檢索界面。在檢索框輸入氨基酸或核酸序列或上傳序列文件，檢索工具能自動識別並相應地選擇BLASTP或BLASTX來與資料庫中的序列進行比對。以大腸桿菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB為例，「High Scoring Gene Procts」欄內顯示基因產物的名稱、物種信息、p值。
擴展：
GO的局限性：
GO不是基因序列或基因產物資料庫，它強調基因產物在細胞中的功能。
GO是對基因功能的注釋，不能反映此基因的表達情況，即是否在特定細胞中、特定組織中、特定發育階段或與某種疾病相關。
GO不對生物學的每個方面進行描述，如功能域的結構、進化特性等。
④ 如何看go資料庫中查出來的pathway，是否與腫瘤相關
我對這個也不算非常了解，簡單說下我的經驗，僅供參考。
首先其實有很多pathway都與腫瘤相關，一般來說與腫瘤發生相關的pathway包括細胞信號轉導（akt，notch，MAPK等）、細胞損傷修復（ATM，NHEJ等）、細胞周期調控（Cdk）、基因表達調控（如 p53）以及細胞遷移等，而且它們之間一般都有交叉。雖然大多數pathway都或多或少參與腫瘤發生，但是直接相關的一般是我提到的這些，主要作用於cancer的發生，成熟以及遷移。
其次，通過你這個圖上列出來的這個腫瘤基因有可能參與的過程，我覺得有可能參與腫瘤發生的包括：regulation of cell morphogenesis（因為腫瘤細胞形成中細胞形態會發生變化）；regulation of gene expression（比如p53就會抑制與cancer發生相關基因的表達，但這個功能實在太寬泛了，可以說所有細胞活動都和基因表達相關，請問你這個基因是transcript factor嗎？如果是的話這就很可能是它直接參與cancer development的原因）；positive regulation of peptidase activity （和前面那點一樣，這種廣譜性影響蛋白質變化的過程可以參與任何方面）；response to corticosteroid （有可能通過response to一些皮質類激素調節cell signal）；positive regulation of macromolecule biosynthetic process（調節大分子生物合成也可能影響蛋白質表達）；anatomical structure formation involved in morphogenesis （同在morphogenesis的解釋）。
最後說明一點，僅僅通過這種方法其實並不會很大的縮小范圍，但是如果結合你的目的蛋白的功能研究（如果之前有相關文獻報道或者你已知目的蛋白具有酶活性）或定位分析，就可以大大縮小范圍了。
希望能對你有所幫助，如果有進一步問題，我們可以繼續討論。
⑤ 怎樣對一組蛋白或基因做GO分析
基本由三種，乙醯基化，甲基化，糖基化。這里舉前兩個做例子。
核小體由8個組蛋白構成，每個組蛋白有一個側鏈N，即一小段多肽。側鏈N基本由精氨酸和賴氨酸組成，這兩種蛋白質由帶負電的R基，注意每個DNA都有大量磷酸根，所以DNA是正電的。由於正負相吸，側鏈N在當DNA不需要轉錄的時候能緊緊困住盤繞在核小體上面的DNA，所以DNA聚合酶無法靠近DNA來轉錄。
乙醯基化：當需要轉錄的時候，組蛋白乙醯基化酶來乙醯基化側鏈N。乙醯基化的側鏈N失去負電性，所以就沒那麼緊得盤繞著核小體，DNA聚合酶就可以開始轉錄。轉錄完畢後，組蛋白去乙醯基化酶會去掉乙醯基，所以側鏈N再一次緊緊捆住核小體。
甲基化：甲基化側鏈N不同部位會導致更緊的纏繞或者更松的纏繞。比如，甲基化側鏈N的第三個精氨酸會導致更松，甲基化第九個導致更緊。後者導致的X染色體失活，即一個女性性染色體在受精發生後會失活。
⑥ 轉錄組差異基因go分類圖怎麼解讀
轉錄組edgeR分析差異基因
edgeR是一個研究重復計數數據差異表達的Bioconctor軟體包。一個過度離散的泊松模型被用於說明生物學可變性和技術可變性。經驗貝葉斯方法被用於減輕跨轉錄本的過度離散程度，改進了推斷的可靠性。該方法甚至能夠用最小重復水平使用，只要至少一個表型或實驗條件是重復的。該軟體可能具有測序數據之外的其他應用，例如蛋白質組多肽計數數據。可用性：程序包在遵循LGPL許可證下可以從Bioconctor網站。
⑦ go分析是分析的差異蛋白還是全蛋白
你好！
go分析是分析的差異蛋白還是全蛋白：
GO分析，它分析的是差異蛋白質組學(Proteomics)蛋白質功能分析。
⑧ 蛋白質組學蛋白信號通路分析怎麼做
蛋白質組學蛋白信號通路分析怎麼做
不過信號通路最好還是從蛋白層面進行，分析可能的4條信號通路，做相關蛋白的western blot，檢測下游蛋白常見的如磷酸化修飾silicare(站內聯系TA)信號通路太復雜了，還是文獻吧，當然是 diea了livee(站內聯系TA):tiger07:xuec(站內聯系TA)多看些英文文獻吧，很多有關報道的
看多了你就有思路了
所以還是勤奮點兒吧tongyanna(站內聯系TA)我還真不明白啊xp198766(站內聯系TA)幫LZ頂，最近我想也知道類似問題的答案，不知道有沒有高手會KEGG的，能不能寫一點總結出來啊……期待啊……lwiaanngg(站內聯系TA)如果你知道大概的途徑，可以用上面說的RT-PCR等手段
如果你不知道，你可以使用蛋白microarray/DNA microarray來測定相對變換量sqhnsd(站內聯系TA)先做相關的表型觀察，看看錶型符合那個通路相關的現象，然後做WB、蛋白質相互作用等試驗進一步去檢測具體的機制如何。但是如何去做，還必須通過看文獻才能幫助你解決問題。charlie9(站內聯系TA)信號通路的變化，一般與mRNA的變化關系不大。它一般通過關鍵蛋白分子的修飾有關，因此RT-PCR一般不能說明問題。Western-blots檢測被修飾的蛋白分子為好。
⑨ 蛋白質組學主要包括哪些分析技術及各自特點
雙向凝膠電泳
雙向凝膠電泳的原理是第一向基於蛋白質的等電點不同用等電聚焦分離，第二向則按分子量的不同用SDS-PAGE分離，把復雜蛋白混合物中的蛋白質在二維平面上分開。由於雙向電泳技術在蛋白質組與醫學研究中所處的重要位置，它可用於蛋白質轉錄及轉錄後修飾研究，蛋白質組的比較和蛋白質間的相互作用，細胞分化凋亡研究，致病機制及耐葯機制的研究，療效監測，新葯開發，癌症研究，蛋白純度檢查，小量蛋白純化，新替代疫苗的研製等許多方面。近年來經過多方面改進已成為研究蛋白質組的最有使用價值的核心方法。
等電聚焦
等電聚焦（isoelectric focusing，IEF）是60年代中期問世的一種利用有pH梯度的介質分離等電點不同的蛋白質的電泳技術。等電聚焦凝膠電泳依據蛋白質分子的靜電荷或等電點進行分離，等電聚焦中，蛋白質分子在含有載體兩性電解質形成的一個連續而穩定的線性pH梯度中電泳。載體兩性電解質是脂肪族多氨基多羧酸，在電場中形成正極為酸性，負極為鹼性的連續的pH梯度。蛋白質分子在偏離其等電點的pH條件下帶有電荷，因此可以在電場中移動；當蛋白質遷移至其等電點位置時，其靜電荷數為零，在電場中不再移動，據此將蛋白質分離。
生物質譜
生物質譜技術是蛋白質組學研究中最重要的鑒定技術，其基本原理是樣品分子離子化後，根據不同離子之間的荷質比（M/E）的差異來分離並確定分子量。對於經過雙向電泳分離的目標蛋白質用胰蛋白酶酶解（水解Lys或Arg的-C端形成的肽鍵）成肽段，對這些肽段用質譜進行鑒定與分析。目前常用的質譜包括兩種：基質輔助激光解吸電離-飛行時間質譜（MALDI-TOF-MS）和電噴霧質譜（ESI- MS）。
飛行時間質譜
MALDI 的電離方式是 Karas和Hillenkamp於1988年提出。MALDI的基本原理是將分析物分散在基質分子（尼古丁酸及其同系物）中並形成晶體，當用激光（337nm的氮激光）照射晶體時，基質分子吸收激光能量，樣品解吸附，基質-樣品之間發生電荷轉移使樣品分子電離。它從固相標本中產生離子，並在飛行管中測定其分子量，MALDI-TOF-MS一般用於肽質量指紋圖譜，非常快速（每次分析只需3~5min），靈敏（達到fmol水平），可以精確測量肽段質量，但是如果在分析前不修飾肽段，MALDI-TOF-MS不能給出肽片段的序列。
電噴霧質譜（ESI-MS）
ESI- MS是利用高電場使質譜進樣端的毛細管柱流出的液滴帶電，在N2氣流的作用下，液滴溶劑蒸發，表面積縮小，表面電荷密度不斷增加，直至產生的庫侖力與液滴表面張力達到雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過程不斷重復使最終的液滴非常細小呈噴霧狀，這時液滴表面的電場非常強大，使分析物離子化並以帶單電荷或多電荷的離子形式進入質量分析器。ESI-MS從液相中產生離子，一般說來，肽段的混合物經過液相色譜分離後，經過偶聯的與在線連接的離子阱質譜分析，給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是 分析時間一般較長。 目前，許多實驗室兩種質譜方法連用，獲得有意義的蛋白質的肽段序列，設計探針或引物來獲得有意義的基因。隨著蛋白質組研究的深入，又有多種新型質譜儀出現，主要是在上述質譜儀的基礎上進行改進與重新組合。