葡萄基因組資料庫在哪裡下載

『壹』 你好，請問怎麼在NCBI下載全基因組序列或者有別的地方可以下載我主要是想下載真菌基因組序列

GenBank同二樓說的，還有DDBJ、EMLB，是世界三大核酸資料庫，三者各有優缺點，如果要完整菌種的序列，你可以將三者結合使用，希望幫到你。

『貳』 有人查過NCBI的基因組的核小體資料庫嗎知道的進來看看。

在核酸資料庫查找

以英文"酵母"為關鍵詞

然後可以限定"核"

如果關鍵詞這么少都查不到的話，就可能沒有，但酵母的全序列應該已經測完，按理應該查的到

如滿意回答，還望採納

『叄』 UCSC資料庫中怎麼下載全基因組相關信息的表格

摘要 從UCSC下載基因組的GTF文件有兩種方式，一種是利用table browser 瀏覽器，另外一種是通過FTP服務。

『肆』 基因組資料庫里的文件怎麼用

在NCBI上下的基因組資料庫，有5種文件格式，分別是.asn .fa .gbk .gbs .mfa！

『伍』 如何在網上找尋模式生物的基因組數據

玉米基因組在Science雜志中可以查找到。
去年年初，美國科學家成功測序得出了玉米基因組的草圖，這是由測序項目負責人——聖路易斯華盛頓大學基因組測序中心主任理查德·威爾遜在「玉米遺傳學會議」第50次年會上公布的。科學家們以代號為B73的高產玉米品種為研究對象，完成了約95%的基因組測序工作。結果顯示，玉米基因組的基因數量為5萬至6萬個，鹼基對數量大約為20億個。
基因組，一個細胞或者生物體所攜帶的一套完整的單倍體序列，包括全套基因和間隔序列。可是基因組測序的結果發現基因編碼序列只佔整個基因組序列的很小一部分。因此，基因組應該指單倍體細胞中包括編碼序列和非編碼序列在內的全部DNA分子。說的更確切些，核基因組是單倍體細胞核內的全部 DNA分子；線粒體基因組則是一個線粒體所包含的全部DNA分子；葉綠體基因組則是一個葉綠體所包含的全部DNA分子。中國研究人員成功破譯高山倭蛙基因組 迄今為止破譯的首個現代蛙類基因組。

『陸』 在NCBI上怎麼找到一個基因的外顯子和內含子

事實上，在NCBI有很多種辦法可以確定某個基因的外顯子或者內含子，當然還有UTR區域。今天我們來介紹NCBI的其中一個使用軟體Splign來在NCBI上找到一個基因的外顯子和內含子。操作步驟如下：

1.在Gene資料庫，填入基因名HNF-4，我一般的話習慣叫Symbol，每個基因都有個Symbol，即基因名。

『柒』 知道了某一個物種的全基因組怎麼找到某個基因的啟動子

然被安排活兒寫個申請，其中需要查查哪些昆蟲已經有了基因組序列。上NCBI看了一下，突發奇想，不局限於昆蟲，看看genome都有哪些數據吧。
ftp地址：
ftp.ncbi.nih.gov:/genomes 2012年2月3日
大概按目錄的字母順序翻譯了一下。除去了真菌細菌和病毒（實在太多了！） 個人覺得數據還不是很全。例如Bombyx mori，家蠶的數據就沒有。
（某些拉丁名不完全規范）
總目錄
Acyrthosiphon pisum 蚜蟲
Aedes egypti埃及伊蚊
Ailuropoda melanoleuca 大熊貓
Amphimedon queenslandica大堡礁海綿
Anolis carolinensis北美綠蜥蜴
Anopheles gambiae甘比亞按蚊
Apis mellifera 蜜蜂
Arabidopsis lyrata琴葉擬南芥
Arabidopsis thaliana 擬南芥
Bombus impatiens 某種熊蜂
Bombus terrestris 某種熊蜂
Bos Taurus 牛
Brachypodium distachyon二穗短柄草
Branchiostoma floridae 文昌魚
Brugia malayi馬來絲蟲
Caenorhabditis elegans秀麗隱桿線蟲
Callithrix jacchus狨猴
Canis familiaris /Canis_lupus_familiaris 家犬
Cavia porcellus土撥鼠/豚鼠，也叫做荷蘭豬
Ciona intestinalis玻璃海鞘
Cricetulus griseus中國倉鼠
Danio rerio 斑馬魚
Drosophila melanogaster 果蠅
Drosophila pseudoobscura擬暗果蠅
Equus caballus普氏野馬
Gallus gallus 雞
Glycine max 大豆
Homo sapiens 智人
Hydra magnipapillata大乳頭水螅
Loxodonta Africana非洲象
Mus musculus 小鼠
Macaca mulatta獼猴
Medicago truncatula蒺藜苜蓿
Meleagris gallopavo 火雞
Monodelphis domestica短尾猊
Nasonia vitripennis麗蠅蛹集金小蜂
Nomascus leucogenys白頰長臂猿
Oreochromis niloticus羅非魚
Ornithorhynchus anatinus鴨嘴獸
Oryctolagus cuniculus穴兔。入侵物種之一
Oryza sativa 水稻
Pan troglodytes潘穴居人，黑猩猩
Physcomitrella patens小立碗蘚
Plasmodium_falciparum 惡心瘧原蟲
Pongo abelii蘇門達臘猩猩
Populus trichocarpa 楊樹
Rattus norvegicus 大鼠
Saccoglossus kowalevskii囊舌蟲。好惡心的蟲子…
Sorghum bicolor 高粱
Strongylocentrotus purpuratus紫色球海膽
Sus scrofa 野豬
Taeniopygia guttata 珍珠鳥。這么漂亮的鳥兒也測序了呢~
Tribolium castaneum谷蛀蟲
Vitis vinifera 葡萄
Xenopus Silurana tropicalis非洲蟾蜍

「Protozoa」目錄 原生動物
Cryptosporidium parvum微小隱孢子蟲
Dictyostelium discoideum阿米巴蟲
Leishmania braziliensis巴西利什曼原蟲
Leishmania infantum利什曼原蟲
Leishmania major利什曼原蟲
Plasmodium falciparum 惡性瘧原蟲
Theileria annulata牛環形泰勒蟲
Theileria parva小泰勒蟲
Trypanosomabrucei錐蟲

「PLANT」目錄。貌似不是完整的基因組序列。注釋如下：
「This directory contains the files of material used in, or associated with the maps provided in MapViewer. This directory contains organism directories that hold files of various types of sequence files for the organism. These are:
i) <organism_name>.BES.gz, the clone-end sequences in FASTA format from bacterial artifical chromosome libraries
ii) <organism_name>.SES.gz, the clone-end sequences in FASTA format from genomic shotgun libraries
iii) <organism_name>.DArT.gz, the DArT sequences in FASTA format.」
Amaranthus hypochondriacus 莧
Aquilegia Formosa耬斗菜
Arabidopsis halleri鼠耳芥
Arabidopsis thaliana 擬南芥
Arachis ranensis蔓花生
Arachis hypogaea 花生
Asparagus officinalis 蘆筍
Asplenium蕨類
Avena sativa燕麥
Beta vulgaris 甜蘿卜
Brachypodium distachyon 二穗短柄草
Brassica napus 油菜
Brassica oleracea 甘藍
Brassica rapa 蕪菁
Cajanus cajan 木豆
Carica papaya番木瓜
Chlamydomonas reinhardtii萊茵衣藻
Cicer arietinum鷹嘴豆
Citrus clementina金錢橘
Coffea arabica 咖啡樹
Cucumis melo 香瓜
Cucumis sativus 黃瓜
Garovaglia 苔類
Glycine max 大豆
Glycine soja 野生大豆
Glycine tomentella短絨野大豆
Gossypium arboreum 亞洲棉
Gossypium barbadense 海島棉
Gossypium exiguum 某種棉
Gossypium herbaceum草棉
Gossypium hirsutum 陸地棉
Gossypium raimondii雷蒙德氏棉
Hevea brasiliensis橡膠樹
Hordeum vulgare 大麥
Liriodendron tulipifera北美鵝掌楸
Lolium perenne 黑麥草
Lotus japonicus百脈根。名字有個Lotus居然不是睡蓮科的，而是豆科的
Manihot esculenta 木薯。這個，生木薯有氰化物…
Medicago truncatula蒺藜苜蓿
Mimulus guttatus野生猴面花
Mimulus lewisii劉易斯猴面花
Musa acuminata 香蕉
Oryza alta高稈野生稻
Oryza australiensis野生稻
Oryza brachyantha花葯野生稻
Oryza coarctata 某種稻
Oryza glaberrima光稃稻
Oryza granulate疣粒稻
Oryza longistaminata長雄野生稻
Oryza minuta小粒野生稻
Oryza nivara印度野生稻
Oryza officinalis葯用稻
Oryza punctata斑點野生稻
Oryza ridleyi野生稻
Oryza rufipogon 普通野生稻
Oryza sativa 水稻。各種稻…果然還是民以食為天！
Ostreococcus tauri綠藻
Panax ginseng 人參
Phaseolus vulgaris 菜豆
Prunus persica 桃
Secale cereale 黑麥
Setaria italica粟
Sisymbrium irio水蒜芥
Solanum cheesmaniae 某種番茄
Solanum lycopersicum栽培番茄
Solanum pennellii野生種潘那利番茄
Solanum phureja 某種馬鈴薯
Solanum tuberosum 馬鈴薯。去年的natrue測序文章。NCBI的資料庫更新不及時么？這兒只有BES的數據。
Sorghum bicolor 高粱
Sorghum propinquum擬高梁
Trifolium repens白花車軸草
Triticum aestivum 普通小麥
Triticum monococcum一粒小麥。這個名兒好玩
Vigna unguiculata豇豆
Vitis vinifera 葡萄
Zea mays 玉米

「BACENDS」目錄
Apis mellifera 蜜蜂
Arabidopsis thaliana 擬南芥
Glycine max 大豆
Oryza sativa 水稻
Schistosoma mansoni曼氏血吸蟲
Solanum lycopersicum
Strongylocentrotus purpuratus紫色球海膽
Triticum aestivum普通小麥
Trypanosome brucei錐蟲
Trypanosome cruzi克氏錐蟲
Zea mays 玉米

「CLONEEND」目錄
Anopheles gambiae 甘比亞按蚊
Bos taurus 牛
Canis familiaris 家犬
Cercopithecus aethiops非洲綠猴
Drosophila melanogaster 果蠅
Equus caballus普氏野馬
Gallus gallus 雞
Gasterosteus aculeatus三刺魚
Homo sapiens 人
Medicago truncatula蒺藜苜蓿
Mus musculus 小鼠
Ovis aries 羊
Pan troglodytes潘穴居人，黑猩猩
Rattus norvegicus 大鼠
Sus scrofa 野豬
Trypanosome brucei 錐蟲
Xenopus tropicalis非洲爪蟾，熱帶爪蟾

『捌』 怎麼在NAR資料庫下載數據

那是因為萬方裡面也沒有文獻全文，導出的也只是題錄、文摘等信息。
不是所有的都沒有全文，而是，文獻標題右上角沒有紅色的pdf的文件標識的沒有全文，你導出也沒有全文。

『玖』 ncbi基因組資料庫包括了哪些文件

NCBI對BLAST進行了全新的改版，推出了最新的web BLAST report。在最新的BLAST比對結果頁面中，「圖形化概要(Graphic Summary)」、「具體描述(Descriptions)」以及「序列比對(Alignments)」等部分頁面都可以展開和收起。此外，網頁上還提供了「結果輸出格式選項(Formatting)」和「結果下載選項(download)」，在下載選項中還新增了CSV格式下載。這樣，讀者可以輕松地將BLAST的比對結果輸入到表格處理軟體中去。另外，BLAST比對結果頁面上的「Alignments」部分還提供了每一條命中序列在Entrez Gene中的相關信息，這些信息包括基因名稱、來源物種以及在PubMed資料庫中與該基因有關條目的數目等。

『拾』 NCBI資料庫有多少完整的細菌基因組序列該如何查閱

如果是基因組信息的話，選擇框里先選擇：Nucleotide
然後，輸入序列號或者輸入你要找的基因的名稱
找到以後，點擊FASTA，可以下載，也可以直接復制。
一般都是存TXT格式，這樣用軟體分析才能載入