❶ 統計分析柱狀圖繪制GraphPad Prism 9
GraphPad Prism 9是一款功能強大的統計分析軟體,其高效的統計繪圖功能能夠迅速直觀地展示統計結果,極大節省時間,提升工作效率。Prism項目文件不僅包含數據、分析和圖形,還能記錄實驗的完整過程。每個文件可包含任意數量的數據表、信息頁面、分析結果、圖表和頁面布局。
一、示例數據
盡管這與軟體功能關系不大,但這個人性化的版塊仍然值得提及。最新版本中,打開軟體後,盡管界面與之前版本差別不大,但每種類型Graph下都提供了tutorial data set,即演示數據集。
如果需要繪制某一類數據圖,可以先使用演示數據集了解數據結構和操作,這對學習軟體有很大幫助,可以更快地上手。
二、自動添加差異分析顯著性結果
以往,我們需要輸入數據、分析結果、繪制圖形,然後在圖上畫線、標記*號或p值來表示數據間的顯著性。這樣的操作需要不斷在統計結果頁面和畫圖頁面切換,非常不便。
GraphPad Prism 9「人性化」地解決了這個問題。以下以一組數據繪制柱狀圖為例進行展示。
首先建立[data table],選擇[組],輸入數據,方法和之前版本相同!
點擊菜單欄[Analysis-Analyze],選擇[One way ANOVA]進行統計學分析,接著點擊[New graph],選擇需要呈現的圖形進行繪制,如下圖。
點擊菜單欄[Draw]的黑色星號,然後點擊圖形需要添加的位置,即可直接添加。
線段的長短會根據圖形間距自動設置,無需手動繪制。星號數目、形式等都可以自己選擇,無需手動輸入。
然而,這個操作還不是完全自動化。若要一鍵顯示所有顯著結果(一次性完成),可點擊菜單欄[Draw]下的紅色星號。
它會根據之前的分析結果,將每個組之間的比較結果添加到圖形上。但這個圖可能不太美觀,需要自己進行細微調整。雙擊圖上添加的星號,在彈出的對話框中調整添加線的顏色、粗細等,還可以選擇顯示p值。
若只想展示需要觀察的組織間的對比,而忽略其他顯著性,可點擊[Comparisons on graph],取消勾選不想顯示的比較組,即可去除。
三、氣泡圖
雖然氣泡圖可能沒什麼好說的,但它的美觀性確實值得稱贊。關鍵在於如何使用它,用得恰當則能發揮更好的效果。
這里要提到的是GO或KEGG富集分析結果的可視化。最常見的是柱狀圖形式的,可能大家都看膩了。高分文章則在不斷創新(展示技能),呈現出更美觀的結果。
接下來,我們嘗試使用氣泡圖進行展示。
首先,准備一個GO或KEGG分析的結果文檔!
在Prism9中選擇[Multiple variables],導入數據。
點擊[Create new graph],選擇氣泡圖,按自己要求設置坐標軸。這里我們將-LOG10(P)設置為x軸,Count設置為縱軸。用Count反映泡泡大小,GO term用不同的顏色顯示,點擊確定。
生成的圖形如下:
若需調整圖形,雙擊圖片或圓圈,可以變換坐標軸、圈圈的顏色、大小等參數,達到目的即可!