哪個資料庫可以查鼠蛋白

㈠ 國際著名的三大蛋白質資料庫

國際著名的三大蛋白質資料庫有UniProt資料庫、The Human Protein Atlas資料庫、PhosphoSitePlus資料庫。

1、UniProt資料庫

蛋白組學常用資料庫UniProt（全稱UniProt Protein Resource），建立於1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白質資料庫聯合成立的，其信息量豐富、資源廣泛，是目前公認的首選免費蛋白質資料庫。

2、The Human Protein Atlas資料庫

The Human Protein Atlas內含近30000種人類蛋白質的組織和細胞分布信息，並提供免費查詢。

瑞典Knut&Alice Wallenberg基金會利用免疫組化技術，檢查每一種蛋白質在人類48種正常組織，20種腫瘤組織，47個細胞系和12種血液細胞內的分布和表達，其結果用至少576張免疫組化染色圖表示，並經專業人員校對和標引，保證染色結果具有充分的代表性。

3、PhosphoSitePlus資料庫

PhosphoSitePlus資料庫是一個由CST和NIH聯合開發的免費資源資料庫，總結歸納了海量通過科學研究發現的蛋白修飾位點，包括磷酸化、甲基化、乙醯化、泛素化等，並且包括一些CST公司發現但未發表的蛋白修飾位點。

該資料庫是動態的、開放的、高度互動並持續更新的。它有助於研究PTMs在正常和病理細胞/組織中的作用，同時它也是發現新的疾病標志物和葯物靶點的有力工具。

性能及歷史

蛋白質資料庫（HPDB），建於2005年5月，動態展示生物大分子立體結構，滑鼠點擊放大分子結構、原子定位、測定原子之間距離，可用於教學或科研。服務對象是能夠熟練使用中文的生命科學、醫學、葯學、農學、林學等領域的大中專學生、教師及科技工作者。

分子結構特徵描述採用漢語，同時提供英文原文以供考證。對於善於使用英文的讀者，我們提倡直接訪問RCSB PDB，一來可以減少網路擁擠，二來可以減少由於HPDB的翻譯不妥帶來的不便。

蛋白質資料庫（HPDB）對每個蛋白質分子結構說明部分做了中文翻譯（最新加入資料庫的分子除外），內容包括分子結構定性描述、樣品的來源、表達載體、宿主、化學分析方法、分子結構組成成分等。這些信息並同蛋白質分子結構數據存儲於資料庫，因此HPDB支持中文查詢。

蛋白質資料庫（HPDB）雖然翻譯了「分子結構說明」部分，但為了保證數據的可靠性和准確性，HPDB對一級結構序列及大分子結構坐標數據等未做任何改動，資料庫保持RCSB PDB核實後的原始實驗數據文件，並保持PDB文件格式和蛋白質分子編號。

㈡ 如何用NCBI查詢一種蛋白質的分子量

1、電腦瀏覽器網路搜索NCBI，直接點擊圖示鏈接進入。

㈢ 請利用網上資料庫查找一種人源性蛋白的一級結構序列，並與小鼠的該同源蛋白序列進行比較。

人胰島素的一級結構序列如下;
鼠胰島素的一級結構序列如下;
比較如下;

放大以及加下劃線的是人與小鼠相同的一級結構序列。不同的一級結構序列是字體比較小的那部分。

從兩者的比較中，我們可以知道，人與小鼠的胰島素一級結構序列基本相同，只有一些個別部分不同。

說明了：一級結構不同，生物學功能各異

一級結構中關鍵部位相同，其功能相同;關鍵部位改變，生物活性也改變

㈣ 最近像查詢爬行動物的線粒體全基因組，可是NCBI上基本上只能查到人類和小鼠的，有沒有哪個資料庫能查詢

ncbi中歌呢資料庫只能查找基因序列～你需要知道線粒體都有哪些基因再進行查找～

㈤ 蛋白質分子量在什麼資料庫查

敢問樓主是怎麼知道蛋白分子量的呢？如果有蛋白樣品，可以通過二級質譜獲得蛋白的氨基酸序列，然後在蛋白數據中比對就可以知道是什麼蛋白了。

㈥ 常用的查詢蛋白質結構以及序列的資料庫主要有哪些

1. PIR和PSD
PIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫，可在這里下載。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。
PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
3. PROSITE
PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。

㈦ 如何利用網上資料庫查找一種人源性蛋白的一級結構序列，並與小鼠的該同源蛋白序列進行比較

到NCBI官網，資料庫選擇protein，輸入蛋白質名稱，然後再結果里找物種為human的結果，拿到這個序列到NCBI的Blast里比對，程序選擇Blastp，比對結果中肯定至少有一個是小鼠同源蛋白。或者直接用clustalX把human，mice的蛋白序列直接比較。

㈧ 如何在uniprot資料庫中查找某個蛋白序列

NCBI
NCBI下有很多資料庫，以下是蛋白質序列PopSet
包括研究1個人群、1個種系產生或描寫人群變化的1組組聯合序列。PopSet既包括核酸序列數據又包括蛋白質序列數據。
Entrez
功能強大，在於它的大多數記錄可相互鏈接，既可在同1資料庫內鏈接，也可在資料庫之間進行鏈接。當應用BLAST軟體比較某氨基酸或DNA序列與庫中其他氨基酸或DNA序列差異即進行類似性檢索時，則會觸及到蛋白質庫或核苷酸庫的庫內鏈接。庫間鏈接產生在核苷酸資料庫內的記錄與PubMed庫中已發表序列的引文間的鏈接，或蛋白質序列記錄與核苷酸序列庫中編碼它的核苷酸序列間的鏈接。BLAST(Basic
Local
Alignment
Search
Tool）是用於序列類似性檢索的1個重要資料庫，是辨別基因和基因特點的工具。該軟體能在15秒內完成全部DNA資料庫的序列檢索。BLAST記錄的相干度有明確的統計學解釋，以便更容易地將相干記錄與隨機的資料庫記錄像辨別。在NCBI主頁的左工具條中，點擊BLAST圖標，即進入BLAST主頁。
BLAST
主頁提供了幾種BLAST檢索軟體。其中BLAST2.0是1種新的BLAST檢索工具，它在原有基礎上作了改進，運行速度更快，靈敏度更高，同時具有Gapped
BLAST
和PSI-BLAST兩種軟體的新功能。Gapped
BLAST
允許在對準的序列中引入空位（鹼基缺失或插入），引入空位（Gaps）意味著在比較兩個相干序列時不會出現中斷（Break）現象。這些空位對準的記分系統更能反應相干序列的類似程度。PSI-BLAST的全稱是Position-Specific
Iterated
BALST，即特殊位置重復BLAST，它提供了自動、易用的概貌（Profile）檢索，是查找序列同源的有效工具。Dnastar
可以用於解決你踢完的後半個問題

㈨ PDB資料庫能看蛋白的活性位點嗎

美國研究人員稱，以便製造出ns2-3蛋白酶的抑制物。因此，這種蛋白被酶切為包括ns 2-3蛋白酶在內的幾種蛋白，該蛋白結構的詳細研究有助於活性部位小分子抑制物的研 究。 charlesrice的研究發現ns2-3蛋白酶催化區的晶體結構是由兩種相同蛋白構成的二聚 體，該酶的活性部位分別由這兩個蛋白的部分氨基酸組成，他們已經確定了一種丙型肝炎病毒蛋白質--ns2-3蛋白酶的晶體結 構科學家發現一種丙型肝炎病毒蛋白酶的活性位點 全世界大約有一億七千萬人受丙型肝炎的影響。研究人員稱，該蛋白質晶體結構的確定有助於新型抗病毒葯物的設計研究，因為實驗證明該蛋白酶對病 毒復制非常重要，ns2-3二聚體 的濃度及其二聚體形式可能是病毒復制周期的限制因素，肝炎往往導致肝硬化化和肝 癌。洛克菲勒大學的charl -esrice及其同事稱。該研究的詳細文章發表在《自然》雜志上，丙型肝炎病毒基因組編碼一種多聚蛋白

㈩ 蛋白質資料庫在哪可以找到

ncbi
國家生物信息什麼的資料庫。世界上所有生物學家都知道的。（USA）