㈠ R語言中heatmap()、heatmap.2()、pheatmap()、ComplexHeatmap()繪制熱圖
獲取熱圖所需數據的步驟如下：
- 從UCSC xena資料庫中的GDC TCGA Colon Cancer (COAD)數據集獲取HTSeq - FPKM數據，通過下載相關文件，鏈接：pan..com/s/1ecWT-z...
- 使用gencode.v22.annotation.gene.probeMap文件將表達矩陣中的Ensembl_ID轉換為gene Symbol。
- 對UCSC_fpkm.txt表達文件進行預處理，選擇20個基因和5個樣本的數據製作熱圖。
接下來，了解四種繪制熱圖的函數：
- heatmap()函數：基本熱圖繪制，WGCNA包常用，詳細參數參考stat.ethz.ch/R-manual/R...
- heatmap.2()函數：gplots包中的增強版，提供更多選項，查閱heatmap.2 function - RDocumentation。
- pheatmap()函數：支持按分組添加行或列的條目，具體操作示例略。
- ComplexHeatmap：用於繪制復雜熱圖，包括注釋和排列，這部分內容有待完善。
最後，關於熱圖調色板，有兩種創建方法：
- 使用R內置的調色板，如terrain.color(), rainbow(), heat.colors(), topo.colors(), cm.colors()，以cm.colors()為例。
- 利用Rcolorbrewer調色板，支持三種預設類型和自定義顏色碼，具體操作如Rcolorbrewer(colors)。