⑴ R語言可視化STRING分析的蛋白互作網路（PPI）
運用STRING創建蛋白互作網路（PPI）
訪問STRING資料庫，鏈接：string-db.org/。使用R語言包clusterProfiler中的示例基因列表，獲取gene symbol的代碼。
將gene symbol上傳至STRING網站，獲取結果。
目前，我需要編輯該圖像，因此下載了文件。
通常，該文件可以導入至Cytoscape軟體進行可視化。然而，我昨天嘗試了，未發現批量分組添加顏色的方法。例如，這30個基因是我通過轉錄組差異分析得到的結果，其中10個為上調表達基因，20個為下調表達基因。我希望將上調基因用紅色表示，下調基因用藍色表示。我不確定Cytoscape是否可以實現此功能，但至今尚未找到方法。
以下記錄了我使用R語言的ggraph包實現的過程。
准備數據
初步結果
經過比較，我發現layout="kk"的布局效果更佳。
接下來，我嘗試添加基因名字，並根據上調和下調添加顏色。
以上所用數據，大家可以自行准備，或留言獲取。
中國加油！武漢加油！