基因序列資料庫有哪些

1. 基因資料庫 一般使用什麼資料庫

集合所有已知核酸的核苷酸序列，單核苷酸多態性、結構、性質以及相關描述，包括它們的科學命名、來源物種分類名稱、參考文獻等信息的資料庫。基因和基因組的資料也包含在DNA資料庫中。目前國際上比較重要的核酸（含蛋白質）一級資料庫有美國的GenBank、歐洲的EMBL和日本的DDBJ。三個資料庫信息共享，每日交換，故資料是一樣的，唯格式有所不同。

2. 核酸序列、結構資料庫有哪些

美國的核酸資料庫GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
歐洲核酸序列資料庫EMBL
http://www.embl-heidelberg.de
日本核酸序列資料庫DDBJ
http://www.ddbj.nig.ac.jp

這是目前世界三大核酸資料庫.不本我們用的最多的還是NCBI,基本上是不用日本的!

3. NCBI資料庫有多少完整的細菌基因組序列該如何查閱

如果是基因組信息的話，選擇框里先選擇：Nucleotide
然後，輸入序列號或者輸入你要找的基因的名稱
找到以後，點擊FASTA，可以下載，也可以直接復制。
一般都是存TXT格式，這樣用軟體分析才能載入

4. 目前知名的序列資料庫有哪些如何從資料庫中獲取一個已知基因的序列（分子生物學簡答題）

在NCBI主頁上方search欄左邊有一個database選擇框,點擊下拉三角形選擇nucleotide（如圖紅框）在search欄輸入基因名搜索即可.以人的orc1基因為例,在搜索結果中選擇mRNA和complete cds序列的結果都可以,如下點擊進入序...

5. ncbi基因組資料庫包括了哪些文件

NCBI對BLAST進行了全新的改版，推出了最新的web BLAST report。在最新的BLAST比對結果頁面中，「圖形化概要(Graphic Summary)」、「具體描述(Descriptions)」以及「序列比對(Alignments)」等部分頁面都可以展開和收起。此外，網頁上還提供了「結果輸出格式選項(Formatting)」和「結果下載選項(download)」，在下載選項中還新增了CSV格式下載。這樣，讀者可以輕松地將BLAST的比對結果輸入到表格處理軟體中去。另外，BLAST比對結果頁面上的「Alignments」部分還提供了每一條命中序列在Entrez Gene中的相關信息，這些信息包括基因名稱、來源物種以及在PubMed資料庫中與該基因有關條目的數目等。

6. 基因組資料庫的酵母資料庫

酵母基因組資料庫SGD（Cherry et al.,1998）是已經完成基因組全序列測定的啤酒酵母基因組資料庫資源，包括啤酒酵母的分子生物學及遺傳學等大量信息。通過網際網路可以訪問該資料庫的全基因組信息資源，包括基因及其產物，一些突變體的表型，以及各種有關的注釋信息。酵母基因組是於1998年完成基因組全序列測定的第一個真核生物基因組，其重要性不言而喻。SGD將各種功能集成在一起，生物學家可通過該資料庫進行序列的同源性搜索，對基因序列進行分析，注冊酵母基因名稱，查看基因組的各類圖譜，顯示蛋白質分子的三維結構，設計能夠有效克隆酵母基因的引物序列等。該資料庫通過方便實用、形象生動的圖形界面為用戶提供酵母基因組的物理圖譜、遺傳圖譜和序列特性圖譜等信息。

7. 常用的查詢蛋白質結構以及序列的資料庫主要有哪些

1. PIR和PSD
PIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫，可在這里下載。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。
PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
3. PROSITE
PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。

8. 高通量測序數據公共資料庫有哪些

我原來常用的：

NCBI：持有INSDC的節點。網站上有核酸、蛋白、基因名、基因組名等等的搜索工具，以及BLAST序列比對搜索工具，PUBMED文獻資料庫，Taxonomy數據，COG蛋白家族庫等等。FTP可以下到它全部的資料庫，BLAST的單機程序，以及各種工具程序。

EBI：和NCBI類似，歐洲搞的對等物。感覺EBI網站比NCBI要清楚簡潔。另外EBI網站整合了更多的工具，比如多序列比對。

Uniprot：全蛋白庫。NCBI和EBI的蛋白庫來源於此。目前包括兩部分：SwissProt是人工校對過的，TrEMBL是自動校對的。

Pfam：蛋白家族庫。可以使用配套的HMMER進行搜索。比BLAST能找到更遠緣的東西，而且找到的東西是結構域。
Rfam：RNA的，類似Pfam。

9. 基因組資料庫的介紹

基因組資料庫(GDB)為人類基因組計劃(HGP)保存和處理基因組圖譜數據。GDB的目標是構建關於人類基因組的網路全書，除了構建基因組圖譜之外，還開發了描述序列水平的基因組內容的方法，包括序列變異和其它對功能和表型的描述。

10. 核酸序列資料庫和基因組資料庫的區別

核酸序列資料庫（genbank）和基因組資料庫（ensemble）的區別：
1、GenBank
是一個有來自於70,000多種生物的核苷酸序列的資料庫。每條紀錄都有編碼區（CDS）特徵的注釋，還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬於一個序列資料庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。
2、Ensemble資料庫可為葯物研發提供超過167,000種生物活性化合物包括化學結構在內的必要信息。本資料庫利用用戶容易掌握的界面將數據、文本和圖象資料有機地結合起來，便於查詢。Ensemble可從葯品專利開始，再通過其臨床前和臨床研究資料，直至注冊信息、市場概況及其他方面的相關資料來跟蹤葯物。資料庫每月更新一次，每年增加約10,000
種新化合物。